java - 基于列从 Java 打印到 Excel 文件

Question

对于任何格式/其他错误，提前表示歉意，我仍然是 Java 的新手。

我正在进行基因表达分析，其中有一个程序可以打印大约 600 万个基因名称及其表达值，分为 23,000 组，每组 249 个(总共有 249 名患者，每个患者都有 23,000 个基因/基因表达值)。现在，我让这个程序循环遍历所有 249 个单独的患者文件，获取 23,000 个基因值，并打印到一个文本文件(有 600 万行和 2 列，一列用于基因名称，一列用于表达)。

但是，我希望该程序能够打印到 Excel 文件，以便有 249 行(针对每个患者)和 23,000 列(针对每个基因)。我已经尝试了几天(使用 apache POI)来做到这一点，但仍然无法做到。我找到了这个示例代码:https://www.scientecheasy.com/2019/01/write-excel-file-in-java.html ，这就是我一直在尝试修改以适应我的程序的内容，但似乎没有任何效果。我已经包含了我的原始程序(打印到文本文件，但也包含我下载的 POI jar)。任何帮助将不胜感激!

import java.io.*;
import java.io.FileOutputStream;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFRow;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFSheet;
import org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFWorkbook;

public class CreateExcel {


   public static final File folder = new File("C:/Users/menon/OneDrive/Documents/R/TARGET");
   private static PrintStream output;
   XSSFWorkbook wb = new XSSFWorkbook(); 
   XSSFSheet sheet1 = wb.createSheet("values");

   public static void main(String [] args) throws FileNotFoundException {
      output = new PrintStream(new File("final_CSRSEF_data.txt"));
      listFilesForFolder(folder);
   }

   public static double listFilesForFolder(final File folder) throws FileNotFoundException {
      double value = 0.0;
      //contains names of all the 23k genes in order to loop through the 249 files and collect the needed names each time
      File list = new File("C:/Users/menon/OneDrive/Documents/NamesOfGenes.txt");
      Scanner names = new Scanner(list);
      String data;
      while (names.hasNext()) {
         String name = names.next(); 
         //looping through all separate 249 patient files in folder and searching for gene name        
         for (final File fileEntry : folder.listFiles()) {
            Scanner files = new Scanner(fileEntry);
            if (fileEntry.isDirectory()) {
               listFilesForFolder(fileEntry);
            } else {
               while (files.hasNextLine()) {
                  final String lineFromFile = files.nextLine();
                  if(lineFromFile.contains(name)) {
                     //System.out.print(name+ " in file " + fileEntry.getName());
                     String[] thisOne = lineFromFile.split("\\s");
                     String res = thisOne[0];
                     //System.out.println(res);
                     if (res.equals(name)) {
                        print(lineFromFile);
                        print("\n");
                     }
                  }
               }

            }
         }
         print("----------------");
         print("\n");
      }
      return 0.0;
   }

   //print to final_CSRSEF_data.txt
   private static void print(String stat) {
      output.print(stat);
   }
} 

所以基本上我在每个文本文件中的“----------------”之前打印的内容应该位于 Excel 工作表中的单独列(而不是行)中。

再次提前感谢您!

Answer 1

尝试看看这个:

www.pela.it，在我的主页中有一个下载“基因表达”工具的链接

两年前我用java做到了这一点，如果这是你想要做的，我会很乐意提供帮助。

它详细说明了 pcr 工具输出的 xml 原始数据，并最终打印包含所有详细说明阶段的分页 Excel。还有一个ppt，详细解释了。