R Shiny / Shiny 服务器-查找包的问题

Question

我已经在ubuntu服务器上安装了shiny和shiny-server。我在正在运行的开发服务器上进行了类似的安装。 R session 打开时会加载一些包。该应用程序在本地运行良好，但我收到消息说它在 Shiny 服务器上运行时找不到软件包。

应用程序上的错误

During startup - Warning messages:

1: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘shiny’
2: package ‘shiny’ in options("defaultPackages") was not found 
3: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘data.table’
4: package ‘data.table’ in options("defaultPackages") was not found 
5: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘optiRum’
6: package ‘optiRum’ in options("defaultPackages") was not found 
Error in eval(expr, envir, enclos) : 
  The Shiny package was not found in the library. Ensure that 
Shiny is installed and is available in the Library of the 
user you're running this application as.
Calls: local -> eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval
Execution halted

在 Rprofile.site 中我有

# ## Example of Rprofile.site
 local({
#  # add MASS to the default packages, set a CRAN mirror
  old <- getOption("defaultPackages"); r <- getOption("repos")
#  r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
  options(defaultPackages = c(old, "shiny","data.table","optiRum"), repos = r)
})

.First <- function() {
   cat("\n   Welcome to R!\n\n")
#    setwd("/home/OPTIMUMCREDIT/R/Projects")
    Sys.umask(mode="0002")
}
.libPaths(c("/home/R/WorkingPackages","/home/R/ApprovedPackages"))

在 Shiny 服务器配置中，我只有默认配置(因此作为 Shiny 和默认端口运行)。

我的sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C         LC_TIME=C            LC_COLLATE=C         LC_MONETARY=C        LC_MESSAGES=C        LC_PAPER=C          
 [8] LC_NAME=C            LC_ADDRESS=C         LC_TELEPHONE=C       LC_MEASUREMENT=C     LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.3.1  scales_0.2.3     RCurl_1.95-4.1   bitops_1.0-6     rstudio_0.98.501 optiRum_0.30     data.table_1.9.2 shiny_0.8.0     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] MASS_7.3-29        RColorBrewer_1.0-5 RJSONIO_1.0-3      Rcpp_0.11.0        caTools_1.16       colorspace_1.2-4   dichromat_2.0-0   
 [8] digest_0.6.4       grid_3.0.3         gtable_0.1.2       httpuv_1.2.3       labeling_0.2       munsell_0.4.2      plyr_1.8.1        
[15] proto_0.3-10       reshape2_1.2.2     stringr_0.6.2      tools_3.0.3        xtable_1.7-3

我尝试添加一条消息以在代码中输出 library(shiny) 上方的 libPaths，但不幸的是，出现了相同的错误消息。我做了一些卸载和重新安装，因为我首先安装了shiny-server，然后记得我需要shiny但没有快乐。我已经确认 Shiny 已安装在 ApprovedPackages 中。我在加载时添加了这些软件包，希望能够避免该问题或找到更多信息。

更新 - 运行 Shiny 啊 - 情节变得更加复杂...在控制台上使用 Shiny 的用户登录会导致应用程序收到相同的警告，并且 .libPaths() 与其他人不同:

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_GB.UTF-8        LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/library"

我有点困惑，希望有人能给我指出解决问题的正确方向。

Answer 1

抱歉给您带来麻烦。您可以尝试运行以下命令来在系统范围内安装 Shiny 吗？

sudo su - \
  -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

这来自Admin Guide (希望)这将成为解决此类问题的有用资源。

我怀疑问题在于 Shiny 确实已正确安装在您的用户帐户中，但由于它不是作为 sudo 安装的，因此 shiny 无法使用它。用户。

编辑:

您还需要确保在 shiny 用户启动 R 进程时应用 Rprofile.site。您可以通过以 shiny 身份登录来执行此操作:

sudo su shiny

然后打开 R 并检查 .libPaths() 或查看是否可以在那里成功运行 library(shiny) 。如果您无法这样做，则可能是让 shiny 用户进入您的共享包目录或 Rprofile.site 文件(或其父目录)时出现问题。确保将 shiny 用户添加到必要的组中，或者这些文件及其所有父目录向 shiny 用户授予适当的权限。