个人中心
文章发布
退出
作者热门文章
- html - 出于某种原因，IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好？
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景？
26
4
我正在尝试调试我编写的程序。我在里面运行它gdb我成功地捕获了SIGABRT从里面calloc() 。我完全不明白这是怎么发生的。这可能是 gcc 中的错误吗？甚至 libc ??
更多详细信息:我的程序使用 OpenMP。我运行了valgrind在单线程模式下没有错误。我也用mmap()加载 40GB 文件，但我怀疑这是否相关。里面gdb ，我正在运行 30 个线程。几次相同的运行(相同的输入和 CL)正确完成，直到我发现有问题的运行。从表面上看，这表明可能存在某种类型的竞争条件。然而，SIGABRT来自calloc()这是我无法控制的。这是一些相关的gdb输出:
(gdb) info threads
[...]
17 Thread 0x7fffec450700 (LWP 73455) 0x00007ffff6b3ce00 in __read_nocancel () from /lib64/libc.so.6
16 Thread 0x7fffece51700 (LWP 73454) _mm_slli_si128 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=50, read=<value optimized out>, rlen=36, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1155
14 Thread 0x7fffee253700 (LWP 73452) 0x000000000041183e in _mm_prefetch (re=0x7fff291c0f10, st=1, options=0x632014) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/xmmintrin.h:1193
13 Thread 0x7fffeec54700 (LWP 73451) 0x00007ffff6ae5c84 in __memset_sse2 () from /lib64/libc.so.6
12 Thread 0x7fffef655700 (LWP 73450) _mm_cmpeq_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=33, read=<value optimized out>, rlen=24, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1263
* 11 Thread 0x7ffff0056700 (LWP 73449) 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
10 Thread 0x7ffff0a57700 (LWP 73448) _mm_sub_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=36, read=<value optimized out>, rlen=26, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1046
5 Thread 0x7ffff3c5c700 (LWP 73443) 0x000000000041183e in _mm_prefetch (re=0x7fff28615010, st=1, options=0x632014) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/xmmintrin.h:1193
2 Thread 0x7ffff5a5f700 (LWP 73440) 0x000000000041e4cd in _mm_max_epi16 (genome=<value optimized out>, goff=<value optimized out>, glen=29, read=<value optimized out>, rlen=21, genome_ls=<value optimized out>, initbp=-1, is_rna=false) at /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/include/emmintrin.h:1331
1 Thread 0x7ffff7fdcae0 (LWP 73437) 0x00007ffff6ae5cff in __memset_sse2 () from /lib64/libc.so.6
[...]
(gdb) thread 11
[Switching to thread 11 (Thread 0x7ffff0056700 (LWP 73449))]#0 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
(gdb) bt
#0 0x00007ffff6a948a5 in raise () from /lib64/libc.so.6
#1 0x00007ffff6a96085 in abort () from /lib64/libc.so.6
#2 0x00007ffff6ad1fe7 in __libc_message () from /lib64/libc.so.6
#3 0x00007ffff6ad7916 in malloc_printerr () from /lib64/libc.so.6
#4 0x00007ffff6adb79f in _int_malloc () from /lib64/libc.so.6
#5 0x00007ffff6adbdd6 in calloc () from /lib64/libc.so.6
#6 0x000000000040e87f in my_calloc (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/../gmapper/../common/my-alloc.h:286
#7 read_get_hit_list_per_strand (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/mapping.c:1046
#8 0x000000000041308a in read_get_hit_list (re=<value optimized out>, options=0x632010, n_options=1) at gmapper/mapping.c:1239
#9 handle_read (re=<value optimized out>, options=0x632010, n_options=1) at gmapper/mapping.c:1806
#10 0x0000000000404f35 in launch_scan_threads (.omp_data_i=<value optimized out>) at gmapper/gmapper.c:557
#11 0x00007ffff7230502 in ?? () from /usr/lib64/libgomp.so.1
#12 0x00007ffff6dfc851 in start_thread () from /lib64/libpthread.so.0
#13 0x00007ffff6b4a11d in clone () from /lib64/libc.so.6
(gdb) f 6
#6 0x000000000040e87f in my_calloc (re=0x7fff2867ef10, st=0, options=0x632020) at gmapper/../gmapper/../common/my-alloc.h:286
286 res = calloc(size, 1);
(gdb) p size
$2 = 814080
(gdb)
函数my_calloc()只是一个包装器，但问题并不在那里，因为真正的 calloc()电话看起来合法。这些是在 shell 中设置的限制:
$ ulimit -a
core file size (blocks, -c) 0
data seg size (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority (-e) 0
file size (blocks, -f) unlimited
pending signals (-i) 2067285
max locked memory (kbytes, -l) 64
max memory size (kbytes, -m) unlimited
open files (-n) 1024
pipe size (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues (bytes, -q) 819200
real-time priority (-r) 0
stack size (kbytes, -s) 10240
cpu time (seconds, -t) unlimited
max user processes (-u) 1024
virtual memory (kbytes, -v) unlimited
file locks (-x) unlimited
该程序没有内存不足，它在有 256GB 可用内存的机器上使用了 41GB:
$ top -b -n 1 | grep gmapper
73437 user 20 0 41.5g 16g 15g T 0.0 6.6 55:17.24 gmapper-ls
$ free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 258437 195567 62869 0 82 189677
-/+ buffers/cache: 5807 252629
Swap: 0 0 0
我使用 g++ (GCC) 4.4.6 20120305 (Red Hat 4.4.6-4) 进行编译，带有标志-g -O2 -DNDEBUG -mmmx -msse -msse2 -fopenmp -Wall -Wno-deprecated -D__STDC_FORMAT_MACROS -D__STDC_LIMIT_MACROS .
编辑:我收到的详细错误消息如下。我截断了它，未显示的行与最后 5 行类似。
*** glibc detected *** /tmp/t/gmapper-ls: corrupted double-linked list: 0x0000000009447380 ***
*** glibc detected *** /tmp/t/gmapper-ls: corrupted double-linked list: 0x0000000009447380 ***
======= Backtrace: =========
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6(+0x75916)[0x7ffff6ad7916]
/lib64/libc.so.6(+0x75916)[0x7ffff6ad7916]
/lib64/libc.so.6(+0x7979f)[0x7ffff6adb79f]
/lib64/libc.so.6(+0x7979f)[0x7ffff6adb79f]
/lib64/libc.so.6(__libc_malloc+0x71)[0x7ffff6adc141]
/lib64/libc.so.6(__libc_calloc+0xc6)[0x7ffff6adbdd6]
/usr/lib64/libgomp.so.1(+0x8502)[0x7ffff7230502]
/usr/lib64/libgomp.so.1(+0x8502)[0x7ffff7230502]
/lib64/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ffff6b4a11d]
/lib64/libpthread.so.0(+0x7851)[0x7ffff6dfc851]
/lib64/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ffff6b4a11d]
======= Memory map: ========
00400000-00430000 r-xp 00000000 00:14 927268870 /tmp/t/gmapper
00630000-00631000 rw-p 00030000 00:14 927268870 /tmp/t/gmapper
00631000-2f461000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap]
7f749d9be000-7f7e2053b000 r--p 00000000 00:0f 1278724 /dev/shm/hg19-ls
7fff24000000-7fff2727a000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2727a000-7fff28000000 ---p 00000000 00:00 0
7fff285ce000-7fff2c000000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2c000000-7fff2f547000 rw-p 00000000 00:00 0
7fff2f547000-7fff30000000 ---p 00000000 00:00 0
[...]
Edit2:我添加了所有在看似“不平凡”的地方停止的线程的线程信息(10/30)。
最佳答案
请注意，您的 GCC 版本相当旧。当前的 GCC 是 4.7.2
出于调试目的，您可以使用较少的优化进行编译:不使用 -g -O2 -NDEBUG -mmmx -msse -msse2 -fopenmp -Wall 只需使用 -g -Wall.
使用较少的优化进行编译使 gdb 调试器更加满意
然后，使用 valgrind和 gdb 来调试您的程序。
关于gcc - calloc 崩溃，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/13102209/
26
4
0
我正在尝试在 Conda 环境中编译一些代码，在那里我 之前安装的编译包gcc_linux-64 . 然而，即使在停用和重新激活环境之后，gcc还在/usr/bin/gcc . 我该怎么做才能让 Co
关闭。这个问题是opinion-based .它目前不接受答案。 想要改进这个问题？ 更新问题，以便 editing this post 可以用事实和引用来回答它. 关闭 7 年前。 Improve
这其实是两个问题: 1 - 在我的 debian amd64 系统上，我似乎无法构建与 gmp/mpfr/mpc 动态链接的交叉 GCC。即使我删除 --disable-shared，它也总是静态链接
研究ELF格式的结果，可以看到目标文件中有一个符号对应每个函数，对应的符号表项的值为st_size，表示大小的功能。 问题是，即使我更改了目标文件中特定函数的 st_size 并链接了它，但可执行文件
海湾合作委员会的 documentation for #line directives说他们是这样的: #line "myfile.cpp" 123 但是当我用 g++ 5.1 检查输出时，它们实际上
我正在使用 as 和 gcc 来汇编和创建 ARM 汇编程序的可执行文件，正如 this 所推荐的那样教程，如下: 给定一个汇编源文件，program.s，我运行: as -o program.o p
long long x; double n; x=long long(n); 这不起作用。什么是正确的方法？ 最佳答案 显而易见的: x = (long long) n; 关于gcc - 转换为长长
我想知道用于 gcc 的原子内置函数的头文件是什么？ 我想使用这 2 个函数为我当前创建的线程库实现互斥锁。 bool __sync_bool_compare_and_swap (type *ptr,
它出现在 another question :gcc调用的程序和部件是什么？ (特别是在编译 C 或 C++ 时)以便有人可以设计一些拦截和更改流程的方案以用于各种自定义编码目的？ 最佳答案 编译器二
可能吗？我想使用 gcc喜欢 assembler并在将其编译为 ubuntu 上的可执行文件后。 我尝试过这个: gcc a.asm -o out.o 来自 out.o文件编译成.out可执行文件。
我写了一个简单的 C 程序 test.c : #include #include int add(int a, int b); int main() { int i=5,j=10;
即。所以如果你使用任何八进制文字，它会给你一个警告。 微软编译器的同样问题。 如果没有，是否有任何其他工具可以检测八进制文字。 (vim 似乎有一个很酷的技巧，它突出了第一个领先的将不同的颜色归零，但
我在旧线程中搜索。但没有找到任何线程回答我的问题。 gcc 是否像 vc++ 一样支持函数级链接？ 如果是，我应该提供什么选项来链接目标文件和库？ 最佳答案 看起来 gcc 不直接支持函数级链接。您可
也许标题并没有把问题说得那么准确:我知道当我运行 gcc foo.c 时，GCC 会调用其他为它完成所有工作的子程序，从而生成主 gcc 程序只是一个界面。但这究竟是如何完成的呢？ 它是否使用syst
我听说最近版本的 gcc 非常擅长将通过函数指针的调用转换为直接调用。但是，我在网上或快速浏览 gcc 的源代码上找不到任何关于它的信息。有谁知道这是否真的是真的，如果是这样，它使用什么算法来做到这一
gcc/g++ 链接器选项“-Map”生成的“.map”文件用于什么？ 以及如何阅读它们？ 最佳答案 我建议为您投入生产的任何软件生成一个映射文件并保留一份副本。 它可用于破译崩溃报告。根据系统的不同
gcc信息文件在有关x86-64特定标志的部分中说 其他事情： There is no `-march=generic' option because `-march' ind
我想知道 gcc 链接器选项(例如:-Wl,options)是否可以更改编译后的可执行文件中的汇编指令，因为如果您使用某些 gcc 优化选项会发生这种情况？ 当您比较编译后的二进制文件(例如比较签名)
是否有GCC编译指示会停止，暂停或中止编译过程？ 我正在使用gcc 4.1，但也希望在gcc 3.x版本上也可以使用该编译指示。 最佳答案 您可能需要#error: edd@ron:/tmp$ g++
当我使用gcc编译C程序时我通常使用 -g 将一些调试信息放入 elf 文件中这样 gdb 就可以在需要时帮助我。 但是，我注意到有些程序使用 -ggdb，因为它应该使调试信息对 gdb 更加友好。
我是一名优秀的程序员,十分优秀！