- html - 出于某种原因,IE8 对我的 Sass 文件中继承的 html5 CSS 不友好?
- JMeter 在响应断言中使用 span 标签的问题
- html - 在 :hover and :active? 上具有不同效果的 CSS 动画
- html - 相对于居中的 html 内容固定的 CSS 重复背景?
我有 genes
x samples
表达数据,我想为其生成 plotly
heatmap
并添加样本
树状图
ggplot
到。
这是我的数据:
set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),100,10,dimnames = list(paste0("G",1:100),paste0("S",1:10)))
这是聚类
和树状图
:
library(dendsort)
library(dplyr)
col.hc <- hclust(dist(t(mat))) %>% dendsort::dendsort(.)
col.dend <- as.dendrogram(col.hc)
col.ord <- order.dendrogram(col.dend)
row.hc <- hclust(dist(mat)) %>% dendsort::dendsort(.)
row.dend <- as.dendrogram(row.hc)
row.ord <- order.dendrogram(row.dend)
mat <- mat[row.ord,col.ord]
在这里,我使用 dendextend
从 col.dend
创建一个 ggplot
。请注意,所有与文本
相关的图例
和刻度
均被抑制:
library(dendextend)
library(ggplot2)
col.gg.dend <- dendextend::as.ggdend(col.dend)
col.gg.dend.ggplot <- ggplot(col.gg.dend,labels=F)+guides(fill=F)+theme_minimal()+
theme(axis.title=element_blank(),axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())
在这里,我正在创建 plotly
heatmap
并使用 plotly::subplot 添加
:col.gg.dend.ggplot
library(plotly)
library(reshape2)
library(grDevices)
plot.df <- reshape2::melt(mat,varnames=c("gene","sample"),value.name="value")
heatmap.plot <- plot_ly(z=c(plot.df$value),x=plot.df$sample,y=plot.df$gene,colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),type="heatmap",colorbar=list(title="Expression",len=0.4)) %>%
layout(yaxis=list(title="Gene"),xaxis=list(title="Sample"))
empty.axis <- list(showticklabels=F,showgrid=F,zeroline=F,title=NULL)
empty.plot <- plot_ly() %>% layout(margin=list(l=200),xaxis=empty.axis,yaxis=empty.axis)
subplot(plotly_build(col.gg.dend.ggplot),empty.plot,heatmap.plot,nrows=2,margin=c(0,0,0,0),heights=c(0.2,0.8),widths=c(0.8,0.2))
除了将底部添加到热图
图例
(black,solid,1)
和之外,所有这些都工作得很好>(NA,1)
,我想删除/隐藏它。
请注意,plotly_build(col.gg.dend.ggplot)
绘制的树状图
没有该图例
部分。
最佳答案
一个相对简单的解决方法是:
subplot(col.gg.dend.ggplot,
plotly_empty(),
heatmap.plot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2)) %>%
layout(showlegend = FALSE)
此 SO question 中解释了根本问题。
layout options found later in the sequence of plots will override options found earlier in the sequence.
因为如果你只是颠倒子图的顺序。
subplot(heatmap.plot,
plotly_empty(),
col.gg.dend.ggplot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2))
神器不见了。
如果您手动指定不应在热图中绘制图例,则问题就消失了:
subplot(col.gg.dend.ggplot,
plotly_empty(),
heatmap.plot %>%
layout(showlegend = F),
nrows = 2,
margin = c(0, 0, 0, 0),
heights = c(0.2, 0.8),
widths = c(0.8, 0.2))
并且颜色条已向中间移动,表明热图有一个不可见的图例,该图例触发了树状图的图例出现,因为它位于子图序列中的较晚位置。
请注意,在 subplot
中,您无需在 ggplot 对象上调用 ggplotly
或 plotly_build
。并且可以通过 plotly_empty()
调用空图。
避免该问题的另一种方法是使用ggdendro
:
library(ggdendro)
d.col <- dendro_data(col.dend)
col.2 <- ggplot() +
geom_segment(data = d.col$segments, aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) +
labs(x = "", y = "") +
theme_minimal() +
theme(axis.text = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
panel.grid = element_blank())
subplot(col.2,
plotly_empty(),
heatmap.plot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2))
产生与第一个发布相同的 plotly 。
关于r - 将 ggplot 树状图添加到绘图热图时控制共享图例,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48244816/
只是想知道是否有可能找出谁从 Windows 共享中读取了文件(最好使用 .NET,但 win32 native 可以)? 我想做的是创建类似 awstats 的东西对于 Windows 共享,这样我
是否可以列出 Intent.ACTION_SEND ?我的意思是我需要知道是否有人通过 action_send 在 Facebook 上分享或在 Twitter 上发推文。 最佳答案 也许你想要一个更
我正在使用 Google Apps 应用程序。实际上,我想在不使用密码的情况下访问另一个 ID。我使用了 OAuth,它运行良好。但我无法分享特定人的日历。我尝试了以下代码。 GoogleOAuthP
我怎样才能只创建模拟器...可能吗?我知道,设备需要分发证书。 最佳答案 您只需将应用程序目录从 iPhone 模拟器复制到另一个实例/操作系统版本,它就应该可以工作。 因此,如果您想分发 3.1.3
我想使用多阶段构建来避免每次构建应用程序时都下载我的 Java 项目所需的所有 Maven 依赖项。 我正在考虑在第一阶段解决 Maven 依赖项,然后在第二阶段构建应用程序,这将需要访问在前一阶段下
我正在寻找保护用户下载内容的初步想法。用户下载充满有趣资源的 zip 文件,这些资源被提取到本地文件系统中以供应用程序使用。我的目标是防止用户通过互联网将下载的资源共享给其他用户(假设他们获得了对文件
我想知道在具有移动和桌面版本的网站上共享身份验证、 session 管理等的最佳方法是什么。我们正在运行 Tomcat,并且更愿意将移动站点和桌面站点的应用程序保持在不同的节点上。 我看过类似的帖子,
我发现了这个单例的实现。我怎样才能创建指向它的指针或共享指针?` 为什么这不起作用?自动测试 = Singleton::Instance(); class Singleton { public: st
我有一个 heroku 项目,我想与其他人分享。作为the instructions describe ,我使用 virtualenv 来管理环境和依赖项。有没有办法在新机器上从 requiremen
Maven 将所有 jar 存储在本地存储库 ~/.m2/repository/ 下。用户多时占用空间大。 那么,是否可以由多个用户共享这个本地存储库,或许在不同的目录结构下? 最佳答案 简单的回答
为什么共享 worker 在重新加载页面时死了?应该是复活了我该如何解决这个问题? 重装前 重新加载后(在example.com上按F5) parent worker var port = new S
我正在开发多个小型应用程序,这些应用程序将共享通用和共享模块和 Assets 。 关于如何创建项目结构的部分在这里回答:https://stackoverflow.com/a/61254557/135
我在 RHEL 上安装了 jenkins (localhost:8080),我能够成功地构建代码 现在,我想设置主/从代理。 我的笔记本电脑将充当“Master Jenkins”,而我同事的笔记本电脑
我有这种方法可以根据我使用的 EXTRA_STREAM 共享文本文件或图片。我有这两个我可以选择 i.putExtra(Intent.EXTRA_STREAM, uri); i.putExtra(In
我正在使用 R 中的一个数据分析项目,我正在使用 R 中的敏感私有(private)数据进行一些逻辑和多级建模。我爱上了 。预订 包,我已经创建了一本关于我们的工作流程和分析管道的相当广泛的书。问题是
我正在构建的应用程序需要在 UITabBarController 框架内为多个 View (及其 subview )显示共享的自定义 UIToolbar。自定义工具栏的内容在所有 View 中都是相同
我有多个应用程序,我想共享相同的 eslint 配置: - project_root/ - app1/ - node_modules/ - eslint.rc
我有多个 Electron 应用程序。一个是主应用程序,其他几个功能应用程序。主应用程序上的按钮很少,这将导致功能应用程序打开。这里的问题是每个应用程序都有一个主进程,该进程导致要利用更多的CPU。是
我正在开发一个 Node.js 后端,它通过 websocket 与一些桌面客户端进行通信,而服务器端的通信是从 Web 前端发起的。一切正常,因为我将 SockJS Connection 实例存储在
我对托管多个网站的服务器上的多个用户帐户使用私有(private) SSH key 和无密码条目。 我为每个用户帐户使用相同的私钥。 (因为我很懒?或者那是“正确”的方式)。 我现在想授权该国不同地区
我是一名优秀的程序员,十分优秀!