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我有 genes
x samples
表达数据,我想为其生成 plotly
heatmap
并添加样本
树状图
ggplot
到。
这是我的数据:
set.seed(1)
mat <- matrix(rnorm(100*10),100,10,dimnames = list(paste0("G",1:100),paste0("S",1:10)))
这是聚类
和树状图
:
library(dendsort)
library(dplyr)
col.hc <- hclust(dist(t(mat))) %>% dendsort::dendsort(.)
col.dend <- as.dendrogram(col.hc)
col.ord <- order.dendrogram(col.dend)
row.hc <- hclust(dist(mat)) %>% dendsort::dendsort(.)
row.dend <- as.dendrogram(row.hc)
row.ord <- order.dendrogram(row.dend)
mat <- mat[row.ord,col.ord]
在这里,我使用 dendextend
从 col.dend
创建一个 ggplot
。请注意,所有与文本
相关的图例
和刻度
均被抑制:
library(dendextend)
library(ggplot2)
col.gg.dend <- dendextend::as.ggdend(col.dend)
col.gg.dend.ggplot <- ggplot(col.gg.dend,labels=F)+guides(fill=F)+theme_minimal()+
theme(axis.title=element_blank(),axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank(),panel.grid=element_blank(),legend.position="none",legend.text=element_blank(),legend.background=element_blank(),legend.key=element_blank())
在这里,我正在创建 plotly
heatmap
并使用 plotly::subplot 添加
:col.gg.dend.ggplot
library(plotly)
library(reshape2)
library(grDevices)
plot.df <- reshape2::melt(mat,varnames=c("gene","sample"),value.name="value")
heatmap.plot <- plot_ly(z=c(plot.df$value),x=plot.df$sample,y=plot.df$gene,colors=colorRamp(c("darkblue","white","darkred")),type="heatmap",colorbar=list(title="Expression",len=0.4)) %>%
layout(yaxis=list(title="Gene"),xaxis=list(title="Sample"))
empty.axis <- list(showticklabels=F,showgrid=F,zeroline=F,title=NULL)
empty.plot <- plot_ly() %>% layout(margin=list(l=200),xaxis=empty.axis,yaxis=empty.axis)
subplot(plotly_build(col.gg.dend.ggplot),empty.plot,heatmap.plot,nrows=2,margin=c(0,0,0,0),heights=c(0.2,0.8),widths=c(0.8,0.2))
除了将底部添加到热图
图例
(black,solid,1)
和之外,所有这些都工作得很好>(NA,1)
,我想删除/隐藏它。
请注意,plotly_build(col.gg.dend.ggplot)
绘制的树状图
没有该图例
部分。
最佳答案
一个相对简单的解决方法是:
subplot(col.gg.dend.ggplot,
plotly_empty(),
heatmap.plot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2)) %>%
layout(showlegend = FALSE)
此 SO question 中解释了根本问题。
layout options found later in the sequence of plots will override options found earlier in the sequence.
因为如果你只是颠倒子图的顺序。
subplot(heatmap.plot,
plotly_empty(),
col.gg.dend.ggplot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2))
神器不见了。
如果您手动指定不应在热图中绘制图例,则问题就消失了:
subplot(col.gg.dend.ggplot,
plotly_empty(),
heatmap.plot %>%
layout(showlegend = F),
nrows = 2,
margin = c(0, 0, 0, 0),
heights = c(0.2, 0.8),
widths = c(0.8, 0.2))
并且颜色条已向中间移动,表明热图有一个不可见的图例,该图例触发了树状图的图例出现,因为它位于子图序列中的较晚位置。
请注意,在 subplot
中,您无需在 ggplot 对象上调用 ggplotly
或 plotly_build
。并且可以通过 plotly_empty()
调用空图。
避免该问题的另一种方法是使用ggdendro
:
library(ggdendro)
d.col <- dendro_data(col.dend)
col.2 <- ggplot() +
geom_segment(data = d.col$segments, aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend)) +
labs(x = "", y = "") +
theme_minimal() +
theme(axis.text = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
panel.grid = element_blank())
subplot(col.2,
plotly_empty(),
heatmap.plot,
nrows = 2,
margin = c(0,0,0,0),
heights = c(0.2,0.8),
widths = c(0.8,0.2))
产生与第一个发布相同的 plotly 。
关于r - 将 ggplot 树状图添加到绘图热图时控制共享图例,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/48244816/
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