R install.packages 返回 "failed to create lock directory"

Question

下载 Rcpp 包时出现此错误:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...

由于我的机器是在计算机集群上，所以我在不同的节点上都尝试过，并且我很小心地删除了/tmp中下载的临时文件。奇怪的是我有权限在/home/me/src/Rlibs/中写入。所以我的问题是:

1. 为什么R想要对/home有写权限，而只需要对/home/me/有写权限？
2. 如何修复该错误？

<小时/>

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

Answer 1

在 NFS 文件系统上，有时并不明显需要关闭哪些内容。

避免这种情况的最佳方法是在命令行上使用 --no-lock 参数，即:

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

在 R 中，您可以使用以下命令在命令中执行此操作:

install.packages("Rcpp", dependencies = TRUE, INSTALL_opts = '--no-lock')