r - Hmisc 之后加载 tidyverse 时出现评估错误

Question

我正在使用 r 3.3.3、dplyr 0.7.4 和 Hmisc 4.1-1。我注意到加载包的顺序会影响 dplyr::summaries 函数是否工作。我知道以不同的顺序加载包会屏蔽某些函数，但我使用 package::function() 语法来避免这个问题。确切的问题围绕标记变量。我知道过去 tidyverse 和变量标签存在问题，但似乎没有一个能够解决为什么会发生这种特殊情况。

第一个有效的示例 - 我仅加载 Hmisc，然后加载 dplyr，并且我能够汇总数据 -

#this works fine
library(Hmisc)
library(dplyr)

Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
            A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
            mns = mean(Petal.Width),
            lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
            lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width))

下面的第二个示例中断。我启动一个新 session 并在 Hmisc 之后加载 tidyverse 并仍然使用 package::function() 语法，但这会引发错误:

Error in summarise_impl(.data, dots) : Evaluation error: x and labels must be same type.

第二个例子:

###restart session 
#this example does not work

library(Hmisc)
library(tidyverse)


Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
                   A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
                   mns = mean(Petal.Width),
                   lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
                   lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width))

但是，第三个示例确实有效，我只需重新启动 session 并在 Hmisc 之前加载 tidyverse

第三个例子:

###switch order of loading packages and this works

library(tidyverse)
library(Hmisc)


Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"

sumpct <- iris %>% 
  dplyr::group_by(Species) %>% 
  dplyr::summarise(med =median(Petal.Width),A40 = round(100*ecdf(Petal.Width)(.40),1),
                   A50 =round(100*ecdf(Petal.Width)(.50),1),
                   mns = mean(Petal.Width),
                   lowermean = mean(Petal.Width)-sd(Petal.Width),
                   lowermedian = median(Petal.Width) - sd(Petal.Width)) 

所以我的问题是，为什么当我使用 package::function() 语法(特别是关于标记变量和 tidyverse)时，加载包的顺序很重要？

更新:以下错误的 session 信息:

sessionInfo()

R version 3.3.3 (2017-03-06) Running under: Windows 7 x64 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

其他附加包:[1]bindrcpp_0.2 forcats_0.3.0
stringr_1.3.0 dplyr_0.7.4 [5] purrr_0.2.4 readr_1.1.1
tidyr_0.8.0 tibble_1.4.2 [9] tidyverse_1.2.1 Hmisc_4.1-1
ggplot2_2.2.1 Formula_1.2-2[13]survival_2.41-3lattice_0.20-35

通过命名空间加载(且未附加):[1] reshape2_1.4.3
splines_3.3.3 Haven_1.1.1 [4] colorspace_1.3-2
htmltools_0.3.6 base64enc_0.1-3 [7] rlang_0.2.0
支柱_1.2.1外国_0.8-69 [10]胶水_1.2.0
RColorBrewer_1.1-2 readxl_1.0.0 [13] modelr_0.1.1
plyr_1.8.4 bindr_0.1.1 [16] cellranger_1.1.0
munsell_0.4.3 gtable_0.2.0 [19] rvest_0.3.2
htmlwidgets_1.0 psych_1.7.8 [22]latticeExtra_0.6-28 knit_1.20 并行_3.3.3 [25] htmlTable_1.11.2
broom_0.4.3 Rcpp_0.12.16 [28] acepack_1.4.1
scales_0.5.0 backports_1.1.2 [31] checkmate_1.8.5
jsonlite_1.5 gridExtra_2.3 [34] mnormt_1.5-5
hms_0.4.2 摘要_0.6.15 [37] stringi_1.1.7
grid_3.3.3 cli_1.0.0 [40] tools_3.3.3
magrittr_1.5 lazyeval_0.2.1 [43] cluster_2.0.6
crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.1 [46] Matrix_1.2-12
xml2_1.2.0 data.table_1.10.4-3 [49] lubridate_1.7.3
assertthat_0.2.0 httr_1.3.1 [52] rstudioapi_0.7
R6_2.2.2 rpart_4.1-13 [55] nnet_7.3-12
nlme_3.1-131.1

Answer 1

更新:截至haven version 2.0.0此问题已得到解决，因为避难所“labelled”类已重命名为 “haven_labelled” 以避免与 Hmisc 发生冲突。

<小时/>

tl;dr:顺序很重要。

要获得更详细的答案，我们首先重现错误:

library(Hmisc)
#> Loading required package: lattice
#> Loading required package: survival
#> Loading required package: Formula
#> Loading required package: ggplot2
#> 
#> Attaching package: 'Hmisc'
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     format.pval, units
library(tidyverse)
#> Warning: package 'forcats' was built under R version 3.4.4

从原始 summarise 示例中逐 block 删除元素后，我设法将错误重现减少到仅这些代码行:

Hmisc::label(iris$Petal.Width) <- "Petal Width"
head(iris)
#> Error: `x` and `labels` must be same type

我们可以查看回溯，看看是否可以找到可能导致错误的函数:

traceback()
#> 8: stop("`x` and `labels` must be same type", call. = FALSE)
#> 7: labelled(NextMethod(), attr(x, "labels"))
#> 6: `[.labelled`(xj, i)
#> 5: xj[i]
#> 4: `[.data.frame`(x, seq_len(n), , drop = FALSE)
#> 3: x[seq_len(n), , drop = FALSE]
#> 2: head.data.frame(iris)
#> 1: head(iris)

[.labelled 调用看起来很可疑。为什么叫它？

lapply(iris, class)
#> $Sepal.Length
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Sepal.Width
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Petal.Length
#> [1] "numeric"
#> 
#> $Petal.Width
#> [1] "labelled" "numeric" 
#> 
#> $Species
#> [1] "factor"

啊，用 Hmisc::label 设置 Petal.Width 的标签也添加了 S3 类。我们可以使用 getAnywhere 检查该方法的定义位置:

getAnywhere("[.labelled")
#> 2 differing objects matching '[.labelled' were found
#> in the following places
#>   registered S3 method for [ from namespace haven
#>   namespace:Hmisc
#>   namespace:haven
#> Use [] to view one of them

事实上，haven 和 Hmisc 都定义了该方法。由于 haven 是在 Hmisc 之后加载，首先找到它的定义，从而使用:

getAnywhere("[.labelled")[1]
#> function (x, ...) 
#> {
#>     labelled(NextMethod(), attr(x, "labels"))
#> }
#> <environment: namespace:haven>

haven 期望 labelled 对象具有 labels 属性，该属性Hmisc::label 不会创建:

attr(iris$Petal.Width, "labels")
#> NULL

这就是错误的来源。

<小时/> 但是等等:为什么 haven甚至加载了？它没有附加 library(tidyverse)。事实证明， 避风港是 listed as an imported package在 tidyverse中，这会导致在附加包时加载它(参见例如 here )。并加载一个包，除其他外，注册其 S3 方法:这就是冲突的地方来自。

事实上，如果您想同时使用 Hmisc 和 tidyverse，顺序很重要。要进一步解决该问题可能需要更改源级别包对 labelled S3 类的使用。

由reprex package于2018年3月21日创建(v0.2.0)。