bioinformatics - 运行 bowtie2 时 breseq 出错

Question

我最近尝试使用 breseq分析一些细菌测序数据。但是，我在 breseq 时遇到了一个 fatal error 二手 bowtie2将原始数据与引用基因组进行比对。

这是我得到的错误的关键部分:
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome
[system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive.
Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)
Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq
(ERR): bowtie2-align exited with value 1
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Error running command:
[system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq
Result code: 256
FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

运行前的所有步骤bowtie2 (samtools，转换 FASTQ)工作正常。根据错误，这是因为 score-min 函数，它的最小分数为 0 ( --score-min L,0,0.9 )。 bowtie2 的命令当我将功能更改为 --score-min L,0.1,0.9 时单独工作(0 替换为 0.1)。但看起来这部分编码在 breseq 中本身(不是吗？)。

关于我的问题的更多细节:
- 运行命令breseq是:breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- 原始数据类型:MiSeq (150x2)
- bowtie2的版本:2.3.0
- breseq的版本:0.29.0
- 操作系统:Linux 16.04 LTS
- 测试也有类似的错误。

这是一个错误还是我使用不当？如果有任何意见或建议，我将不胜感激。

Answer 1

没错。此错误是由于新 bowtie2 版本 (2.3.0) 的更改导致 breseq 用于调用它的选项无效。

下一版本的 breseq 将更新其选项以与新的 bowtie2 兼容。我应该在一两周内发布这个。如果您想从中构建并使用 bowtie 2.3.0，则此代码已 checkin GitHub 存储库。或者，您可以暂时将 2.2.9 版的 bowtie2 与当前版本的 breseq 一起使用。