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r - 在 r 中应用函数太慢

转载 作者:行者123 更新时间:2023-12-01 16:04:13 26 4
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我必须为很多物种计算每行的特定公式。该公式是丰度值与数据框最后一行中存在的值之间的乘积。然后,对所有这些乘积求和。

我当前的脚本包含使用 apply 函数,该函数似乎与我开始使用的 for 循环一样慢。我使用一个名为 az 的简单 df 在以下脚本中简化了问题:

az=data.frame(c(1,2,10),c(2,4,20),c(3,6,30))
colnames(az)=c("a","b","c")


# Initial for loop
prov=0 # prov for provisional number
for (i in 1:nrow(az)){
for (j in 1:ncol(az)){
prov=prov+az[i,j]*az[nrow(az),j]
}
print(prov)
prov=0
}

# Apply solution
apply(az[,], 1, function(x) {sum(x*az[nrow(az),], na.rm=TRUE)})

两种解决方案都有效,但它们非常慢(使用我原来的 df),并且我必须对大量物种重复该操作。因此,我想知道是否有人有更有效的解决方案,也许使用矢量化表达式。

亲切的问候。

最佳答案

尝试

  rowSums(az*unlist(az[nrow(az),])[col(az)], na.rm=TRUE)

或者稍微快一点的选择是使用rep

  rowSums(az*rep(unlist(az[nrow(az),]),each=ncol(az)), na.rm=TRUE)

关于r - 在 r 中应用函数太慢,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/29125609/

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