r - 设置文档持久化 ggplot2 颜色主题

Question

我想为 Markdown 文档中构建的每个绘图定义一个调色板。本质上，这将覆盖默认选择。

有几个非常古老的答案——感谢链接here和 here由 @dww 建议- 解决旧版本(特别是在现代发布几个主要版本时在 0.8.2 上调用解决方案，目前为 3.2.x)。

我将说明最接近的用例，设置主题。对于通用主题，这是微不足道的:而不是附加 + theme_minimal()在每个情节上，我都可以设置贯穿所有情节的主题。

library(ggplot2) 

d <- diamonds[sample(1:nrow(diamonds), 1000), ]

## without theming 
ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point() + 
  theme_minimal() # must set this theme call for every plot 

## setting theme 
theme_set(theme_minimal())

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point()    # plot in theme, for all subsequent plots

是否存在类似的修改来设置整个调色板？例如，基于主题的调用替换，

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) + 
  geom_point() + 
  scale_color_brewer(palette='Set2') # requesting a global option to set this for all plots

linked solution这不依赖于旧版本，而是重载了整个 ggplot 函数。这似乎有风险。

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette = 'Set1')

Answer 1

有一个ggplot_global ggplot2 内部使用的环境但不导出。您可以通过暂时解锁 ggplot 函数的绑定(bind)并对其进行修改以将环境的内容作为列表返回来查看其结构。您可以像这样非破坏性地执行此操作:

library(ggplot2)

get_ggplot_global <- function()
{
  unlockBinding("theme_set", as.environment("package:ggplot2"))
  backup <- body(theme_set)[[5]]
  body(theme_set)[[5]] <- substitute(return(as.list(ggplot_global)))
  global_list <- theme_set(theme_bw())
  body(theme_set)[[5]] <- backup
  lockBinding("theme_set", as.environment("package:ggplot2"))
  return(global_list)
}

global_list <- get_ggplot_global()
names(global_list)
#> [1] "date_origin"    "element_tree"   "base_to_ggplot" "all_aesthetics"
#> [5] "theme_current"  "time_origin"   

通过检查这个，你可以看到 ggplot 全局环境有一个名为 theme_current 的对象。 ，这就是为什么您可以全局设置各种线条、文本和轴元素，包括它们的颜色。

当您在问题中谈论配色方案时，您指的是在比例对象中定义的颜色。这不是 ggplot_global 环境的一部分，您不能更改默认比例对象，因为没有。当你创建一个新的 ggplot() ，它有一个用于“秤”的空槽。

因此，您有几个选择:

用 my_ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer() 包裹 ggplot

用上述函数覆盖 ggplot(如@Phil 所建议)

使用标准 ggplot 语法创建您自己的主题对象

最好的办法可能是只为 ggplot 编写一个包装器。但是，第三个选项也非常干净和惯用。你可以像这样实现它:

set_scale <- function(...)
{
  if(!exists("doc_env", where = globalenv()))
    assign("doc_env", new.env(parent = globalenv()), envir = globalenv())
  doc_env$scale <- (ggplot() +  eval(substitute(...)))$scales$scales[[1]]
}

my_scale <- function() if(exists("doc_env", where = globalenv())) return(doc_env$scale)

您可以通过这样做来使用它(例如)

set_scale(scale_color_brewer(palette = "Set2"))

在文档的开头。
所以现在你可以做 + my_scale()对于每个地 block :

d <- diamonds[sample(1:nrow(diamonds), 1000), ]

ggplot(d, aes(x=carat, y=price, color=clarity)) +
  geom_point() +
  my_scale()