dicom - Dcm4che 从本地存档 (dicomdir) 中删除研究

Question

在对 dcm4che3 和 dicom 协议(protocol)进行一些研究后改写我原来的帖子。

我正在使用 dcm4che3 工具包构建一个应用程序，它本质上是一个简单的 Image Archive能够按需将研究转发给其他模态。该工具还实现了一个 s-store scu 服务来查询自身以及其他模态。

一个要求是能够从这个本地存档中定期“删除”研究。

我也是 dicom 协议(protocol)和 dcm4che 的新手，所以我试图了解底层 dicomdir(由 dcm4che-tool-dcmqrscp 使用)的逻辑以及用于删除研究的任何可用服务或方法。

所以我的问题如下:

• 在 dicom 协议(protocol)的上下文中，术语“删除研究”是否有效？

• 正如我在删除研究(使用该工具)时看到的“dcm4che-tool-dcmdir”，实际发生的是“从现有目录中删除引用由文件指定的 DICOM 文件的记录.. 或目录.. 参数通过设置其 Record In-use Flag = 0 来保存文件”，以便文件保留在文件系统中。

• 如果我尝试以这种方式删除一项研究(tool-dicomdir 中的 -d 选项)，当我使用我的 c-find scu 查询存档时，我可以找到该研究。因此，即使 dicomdir 中的记录被标记为不活动，如果我对存档执行 c-find 查询，我仍然可以获取它。

• 如果我尝试从文件系统中手动删除学习文件，我猜想 dicomdir 已损坏。

是否有任何其他方法(或协议(protocol)的一部分)以一致的方式从 dicomdir 中删除研究(永久地从 dicomdir 记录，但也从文件系统，如果可能)？

我用来删除研究的代码(使用与 dicomdir 中的 -d 选项类似的方法)是:

public void deleteDicomDir(String studyDir) throws IOException {

        DcmDir1 main = new DcmDir1();

        long start = System.currentTimeMillis();
        LOG.info("$$$ Trying to delete dicomdir: " + studyDir);
        main.open(new File("C:\\dicomrouter_dev\\dcmrouter_root\\dicomdir"));
        main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
        main.close();
        long end = System.currentTimeMillis();
        System.out.println();
        System.out.println(MessageFormat.format(
            rb.getString("deleted"),
            num, main.getFile(), (end - start)));
}

“removeReferenceTo()”方法实际上是在最后调用 DicomDirWritter 方法:

public synchronized boolean deleteRecord(Attributes rec)
            throws IOException {
        if (rec.getInt(Tag.RecordInUseFlag, 0) == INACTIVE)
            return false; // already disabled

        for (Attributes lowerRec = readLowerDirectoryRecord(rec);
                lowerRec != null; 
                lowerRec = readNextDirectoryRecord(lowerRec))
            deleteRecord(lowerRec);

        rec.setInt(Tag.RecordInUseFlag, VR.US, INACTIVE);
        markAsDirty(rec);
        return true;
}

感谢您的宝贵时间，我期待着任何能说明这一点的信息

实际上，在对 dicom 协议(protocol)以及 dcm4che 工具包进行一些研究之后，我能够通过 3 个步骤删除一项研究并同步我的 DICOMDIR 并删除记录使用中标志 = 0 的研究(或文件):

//delete records referring DICOM files specified by <directory:studyDir> arguments from existing directory file <dicomdir> by setting its Record In-use Flag = 0
public void deleteDicomDir(String studyDir) {        
        String dicomdir = "C:\\dicomrouter_dev\\dcmrouter_root\\DICOMDIR";
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();
        try {
            LOG.info("$$$ Trying to delete dicomdir: " + studyDir);
            main.open(new File(dicomdir));
            int num = 0;               
            main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
            main.close();
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("deleted"),
                num, main.getFile(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }        
}


//purge records without file references from directory file <dicomdir> by setting its Record In-use Flag = 0
public void purgeDicomDir() {
        String dicomdir = "C:\\dicomrouter_dev\\dcmrouter_root\\DICOMDIR";
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();
        try {
            main.open(new File(dicomdir));
            int num = main.purge();
            main.close();
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("purged"),
                num, main.getFile(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }  
}

//compact existing directory file <dicomdir> by removing records with Record In-use Flag != 0
public void compactDicomDir() {        
        String fpath = "C:\\dicomrouter_dev\\dcmrouter_root\\DICOMDIR";
        File f = new File(fpath);
        File bak = new File(fpath + "~");        
        DcmDir1 main = new DcmDir1();
        long start = System.currentTimeMillis();        
        try {
            LOG.info("$$$ Trying to compact dicomdir: " + fpath);
            main.compact(f, bak);
            long end = System.currentTimeMillis();
            System.out.println(MessageFormat.format(
                rb.getString("compacted"),
                f, bak.length(), f.length(), (end - start)));
        } catch (IOException ex) {
            java.util.logging.Logger.getLogger(DcmDir1.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
        } finally {
                main.close();
        }
}

然后我也可以安全地从磁盘中删除文件。

Answer 1

我已经在评论(现已删除)中向您解释了这一点。我还向您指出了this讨论同一件事的问题。正如我在评论中所说，这更多的是关于协议(protocol)而不是工具包。

首先，当您说“删除研究”时，我假设您实际上想从硬盘中删除 DICOM 文件及其在其他(DICOMDIR 或数据库等)位置的引用。

在 DICOM 中无法做到这一点。

DICOM 中的 N-DELETE 命令不是为了这个目的。如 this 中所述回答，你可以尝试Imaging Object Change Management IHE 集成配置文件。我从来没有用过那个；很抱歉，我无法对此发表进一步评论。

In the context of dicom protocol is it valid the term: "Delete a study"?

正如我上面所说；没有。

As i can see the "dcm4che-tool-dcmdir" when deleting a study (using the tool), what happens actually is to "delete records referring DICOM files specified by file.. or directory.. arguments from existing directory file by setting its Record In-use Flag = 0" so the files remain on the filesystem.

这看起来很自然。该命令应该只修改 DICOMDIR 以删除文件。它不应从硬盘中删除物理文件。

Even more if i try and delete a study in this way (-d option in tool-dicomdir) when i query the archive with my c-find scu, i can find the study. So even if the record in dicomdir is marked as Inactive if i perform a c-find query to the archive i can still fetch it.

我不知道你的C-FIND-RESPONSE 的来源是什么。如果它是 DICOMDIR 本身，很可能您在前面的步骤中对其所做的修改没有保存。保存修改，这应该可以工作。但请记住，这仍然不会从物理存储中删除文件。您只是删除了它的引用。

我不是您正在使用的工具包的专家。但是，在您的问题中使用以下代码:

main.open(new File("C:\\dicomrouter_dev\\dcmrouter_root\\dicomdir"));
main.removeReferenceTo(new File(studyDir));
//Check if you need to save the changes here before closing
main.close();

您似乎正在打开 DICOMDIR——从中删除目录引用——关闭 DICOMDIR。我不知道 removeReferenceTo 方法的实现；可能是来自 github .如果它也没有保存更改，则您必须明确保存更改。可能你需要使用 DicomOutputStream类来做。我发现以下示例代码 here :

FileOutputStream fos = new FileOutputStream(fileOutput +".dcm");
BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(fos);
DicomOutputStream dos = new DicomOutputStream(bos);
dos.writeDicomFile(dio);
dos.close();

If i try and delete study files manually from the filesystem i guess that the dicomdir becomes corrupted.

是的；那就对了。为避免这种情况，还要相应地修改 DICOMDIR。物理存储和 DICOMDIR 都应处于一致状态。

提案 - 1:

1. 确定应触发删除的事件/操作(可能是将 C-STORE-SUCCESS 发送到调用应用程序)。您始终知道在您的应用程序中触发了事件/操作。
2. 手动或通过 DICOM 外部的一些代码删除文件。
3. 更新底层引用(DICOMDIR、数据库等)以反射(reflect)此更改(您在问题中提到的 -d 命令)。
4. 保存更改。以防万一您错过了这一步。
5. 验证更改是否反射(reflect)在引用文献中。在数据库上运行查询以检查记录。在某些 DICOM 加载程序/转储应用程序中加载 DICOMDIR 并查看相关条目是否消失。
6. 尝试再次查询以查看进展情况。

提案 - 2:

使用 DICOM 命令，实现自定义行为。修改 DICOM 命令的行为(可能是 N-DELETE)以执行其他操作。这只有在您可以访问源代码并愿意更改它时才有可能。我个人不推荐这样做，因为:

• 无论如何这都不是 DICOM。
• 您始终可以在您的应用程序中实现相同的代码，而不是这样做。