java - 将 BioFormats 文件导入 Matlab 时出错

Question

我正在尝试将 .spl 文件从 Slidebook v4.2 导入到 Matlab，但遇到了问题。

我从here下载了函数和loci_tools.jar 。我用它们导入了一个存在小问题的文件(它获得了 Z 平面和向后的时间点，并且使用错误的采集 channel 对某些文件进行了错误命名)，但我找出了问题的模式并能够解决问题他们。

然后我尝试导入另一个文件，但出现此错误，但我无法解决。任何想法将不胜感激。我是在 matlab 中使用 java 和 java 的新手。这是我得到的错误:

I = bfopen(‘filename.spl’);
Finding offsets to pixel data
Determining dimensions
Reading series #1
    .Error using loci.formats.ChannelSeparator/openBytes
Java exception occurred:
java.lang.IllegalArgumentException: Negative position
at sun.nio.ch.FileChannelImpl.read(FileChannelImpl.java:600)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocateDirect(NIOByteBufferProvider.java:133)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocate(NIOByteBufferProvider.java:118)
at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:532)
at loci.common.NIOFileHandle.seek(NIOFileHandle.java:254)
at loci.common.RandomAccessInputStream.seek(RandomAccessInputStream.java:140)
at loci.formats.in.SlidebookReader.openBytes(SlidebookReader.java:130)
at loci.formats.ImageReader.openBytes(ImageReader.java:414)
at loci.formats.ChannelFiller.openBytes(ChannelFiller.java:197)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:226)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:159)

Error in bfGetPlane (line 75)
plane = r.openBytes(iPlane - 1, ip.Results.x - 1, ip.Results.y - 1, ...

Error in bfopen (line 144)
    arr = bfGetPlane(r, i, varargin{:});

Answer 1

请尝试最新版本的Bio-Formats 5。您可以通过 enabling the Bio-Formats 5 update site 在斐济轻松使用它，或在 MATLAB 中使用 latest loci_tools.jar来自 Jenkins 。

如果仍然出现错误，请随时report a bug 。也就是说，推荐的方法是将数据从 Slidebook 软件导出到 OME-TIFF format .

不幸的是，尽管 3i Slidebook 很流行，但它可能是我们在 Bio-Formats 中尝试支持的最神秘和最困难的格式。我们已多次与 Slidebook 开发人员会面，讨论如何最好地处理该问题。但 SLD 格式从未打算供公众使用，并且它随着 Slidebook 软件的每次迭代而不断发展。因此，我们做出的妥协是让 Slidebook 软件支持强大的 OME-TIFF 格式导出，这样可以保留丰富的显微镜相关元数据。来自 Bio-Formats 3i Slidebook page :

We strongly encourage users to export their .sld files to OME-TIFF using the SlideBook software. Bio-Formats is not likely to support the full range of metadata that is included in .sld files, and so exporting to OME-TIFF from SlideBook is the best way to ensure that all metadata is preserved.

我知道这并不完全令人满意，但不太可能很快改变。也许如果许多客户对 Slidebook 团队表达了强烈的偏好，以使 SLD 格式在 Bio-Formats 中更好地工作，他们会采取一些步骤来重新设计该格式......

另请参阅:Bio-Formats FAQ: Why do my Slidebook files take a long time to open?