R:解绑和使用 Packrat 快照的说明

Question

我使用 packrat (v 0.4.8.-1) 创建了一个快照，并捆绑了与相应 R 代码一起使用的 R 包依赖项。我想向其他人提供 R 代码和 packrat 包，使我正在做的工作(包括 R 环境)完全可重现。

我使用与我用来编写 R 代码和创建 bundle 的计算机不同的计算机测试了拆分。我在 R studio 中打开了一个 R 代码文件，并调用了 library(packrat) 来加载 packrat(也是 v 0.4.8-1)。然后我调用了 packrat::unbundle(bundle = "directory", where = "directory")，它成功解绑了。但随后调用 packrat::restore() 给了我错误“这个项目还没有打包。运行‘packrat::init()’来初始化 packrat”。似乎 init() 应该不是必需的，因为我不是在尝试创建新快照，而是利用 bundle 中的快照。 packrat 页面 ( https://rstudio.github.io/packrat/ ) 和 CRAN 提供的关于拆分的文档很少以帮助解决此问题，或者我可以向使用我的代码的用户提供说明(他们可能会熟悉 R，但可能没有使用过 packrat)。

那么，有人可以提供清晰的分步说明，说明捆绑快照的用户应如何解除捆绑，然后使用保存的快照运行 R 代码文件吗？

Answer 1

经过一些试验，我发现了一种目前看来行之有效的方法。

我已经为用户提供了三个文件:

-tar.gz (packrat bundle file)
-unbundle.R (R code file that includes a library statement to load 
 the packrat library, and the unbundle command for the tar.gz file)
-unbundle_readme.txt  

自述文件包含与以下类似的说明，到目前为止，用户已经能够使用包依赖项运行 R 代码。自述文件告诉用户有关要求(R、R studio、packrat、R 包开发先决条件(Rtools for Windows、XCode for Mac))，并包括 sessionInfo() 的输出以记录 R 代码在说明后应使用的 R 包版本被跟随。在下面的示例中，“code_folder”指的是包含 R.code 和相关输入文件的 tar.gz 文件中的文件夹。

解绑说明示例:

第一步

保存但不展开/解压缩 tar 文件到一个目录。访问保存的包依赖项时出现问题更有可能是 R 或 R studio 以外的程序用于解压缩 tar 文件。

如果tar文件已经展开，重新保存tar 文件到新目录，该目录不应该相同目录作为扩展的 tar 文件，或扩展的 tar 文件。

第二步

将 unbundle.R 保存在与 tar 文件相同的目录中

第 3 步

使用 R studio 打开 unbundle.R

第四步

执行unbundle.R(这将创建一个子文件夹“code_folder”。请注意，此步骤可能需要 5-15 分钟才能运行。)

第 5 步

关闭 R 工作室

第 6 步

导航到子文件夹“cold_folder”

第七步

使用 R studio 打开 R 脚本(包库应与下面列出的对应。这将指示 R studio 正在访问保存的包依赖关系。)

第 8 步

执行 R 代码，这将利用项目包库。使用上述方法加载包库后步骤，没有必要为每个重新加载包库脚本。 R studio 将继续访问包依赖项对于您在 R 工作室 session 中打开的每个脚本。如果你随后关闭 R-studio，然后从内部打开脚本解包目录，R studio 仍应访问无需重新加载已保存包的依赖项快照。