在 R 中运行 Maxent

Question

很抱歉，如果这个问题之前出现过，但我想问一下是否有人知道 dismo 包中 maxent() 中每个参数的内容？我搜索了各种 R 论坛站点和 R 帮助页面本身，但我不明白如何提出我的论点。我在这里有预测变量的数据框样本

library(dismo)
system.file("java", package="dismo")

bio_14  bio_19  bio_3   bio_5   forest_cover
9       125     67      329     1
9       125     67      329     1
9       124     68      329     3
10      126     67      319     3

每一行都是背景或存在点。之后我不明白的是 p 和 maxent() 公式中的参数。 p 参数是否包含 x 和 y 坐标以及指示 1(存在)和 0(不存在)的第 3 列？还是包含 1 和 0 的列改为进入 a 参数？ forest_cover 是一个分类变量。

DataM<-read.csv("Maxent dataset.csv", header=T)
DataM<-data.frame(DataM)
parg<-read.csv("maxent p arg.csv", header=T)
aarg<-read.csv("maxent a arg.csv", header=T)
DataM[,'forest_cover'] = as.factor(DataM[,'forest_cover'])

#p
x           y
328206.7075 1257255.387
328759.7075 1256632.385
323102.7012 1256404.391
323029.7117 1267187.402



#a
pb
1
1
1
0


#Final code
    maxent1<-maxent(x=DataM, p=parg, a=aarg, factors='forest_cover')

    Error in maxent(x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") : 
  unused arguments (x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover")

请告诉我是否应该移动一些东西以及它们是否在正确的数据框中。提前致谢

Answer 1

我不知道这是否有帮助，但我的代码如下所示。您可以如下设置参数。如果您打开 maxent.jar 并单击 MaxEnt GUI 中的帮助按钮，您将获得一个参数列表。只需输入参数的名称并设置其值，然后它就会起作用。

  `xx<-maxent(x=expl,p=spp.coords$garmani, args=c(
  'maximumbackground=10000',
  'defaultprevalence=1.00',
  'betamultiplier=0.5',
  'pictures=true',
  'randomtestpoints=30',
  'linear=true',
  'quadratic=true',
  'product=true',
  'threshold=true',
  'hinge=true',
  'threads=2',
  'responsecurves=false',
  'jackknife=false',
  'askoverwrite=false'
))`

编辑:我应该补充一点，“x”是我的协变量栅格堆栈(在本例中为 BioClim 层)，“p”只是一个包含我物种的 xy 坐标(按此顺序)的列表。