r - 选定列的 mutate_each

Question

我对使用 mutate_each 将 function 应用到我的 data.frame 有疑问

我有一个函数可以计算两个波 y1 和 y2 之间的相移。我想将此函数应用于我的数据并创建名为 phase 的新列，但我收到一个错误，指出其中一个参数丢失 y2 即使我把它们在我的函数中。

也许我不擅长写函数:)

这是一个可重现的例子:

library(dplyr)
library(psd) # Loaded psd (1.0.1) -- Adaptive multitaper spectrum estimation

time <- seq(1,30)
y1 <- sort(runif(30,-0.014,0.014),decreasing=TRUE)
y2 <- sort(runif(30,-0.012,0.012),decreasing=TRUE)
df <- data.frame(y1,y2,time)
#calculation phase difference between two waves y1 and y2  

phase_diff <- function(y1,y2,time){
  out1=pspectrum(y1*(-1),x.frqsamp = 0.1);
  out2=pspectrum(y2*(-1),x.frqsamp = 0.1);
  f1 = out1$freq[which.min(out1$spec)];
  f2 <- out2$freq[which.min(out2$spec)];
  fit1 <- lm(y1 ~ sin(2*pi*f1*time)+cos(2*pi*f1*time));
  fit2 <- lm(y2 ~ sin(2*pi*f2*time)+cos(2*pi*f2*time));
  a1 <- fit1$coefficients[2];
  b1 <- fit1$coefficients[3];
  ph1 <- atan(b1/a1);
  a2 <- fit2$coefficients[2];
  b2 <- fit2$coefficients[3];
  ph2 <- atan(b2/a2);
  phase_difference <- as.numeric((ph2-ph1)/pi);
  return(phase_difference)
}

dff <- df%>%
mutate_each(funs(phase_diff),phase=c(y1,y2,time))

Stage  0 est. (pilot) 
    environment  ** .psdEnv **  refreshed
    detrending (and demeaning)
Stage  1 est. (Ave. S.V.R. -10.9 dB) 
Stage  2 est. (Ave. S.V.R. -8.3 dB) 
Stage  3 est. (Ave. S.V.R. -8.3 dB) 
Stage  4 est. (Ave. S.V.R. -8.3 dB) 
Stage  5 est. (Ave. S.V.R. -8.3 dB) 
Normalized  single-sided  psd estimates ( psd ) for sampling-freq.  0.1
Error: argument "y2" is missing, with no default

Answer 1

由于我们需要创建一个新列，并且函数 phase_diff 使用输入数据集中的所有列作为参数，因此 OP 可能需要 mutate 而不是 mutate_each。 mutate_each` 用于应用于数据集中的每一列。

res <- df %>%
          mutate(phase = phase_diff(y1, y2, time))
head(res,2)
#         y1          y2 time      phase
# 1 0.01398857 0.010296090    1 -0.1349023
# 2 0.01334217 0.009990988    2 -0.1349023

以上操作可以使用base R

phase_diff(df$y1, df$y2, df$time)