r - 在 rstan 中转换变量(贝叶斯分析)

Question

我是贝叶斯分析的新手，正在尝试使用 rstan 来估计后验密度分布。该练习试图使用 stan 重新创建我的大学给我们的示例，但我对如何正确转换变量有点困惑。我当前的代码运行没有错误，但结果与大学给我们的结果不符(尽管很接近)，为清楚起见，下图使用黑色的 stan 估计。我通过查阅手册并将随机位拼凑在一起来使代码工作，但特别是我不太确定为什么需要 target 以及 gamma 转换是否确实正确。任何指导将不胜感激!

模型

标准规范

data {
  int<lower=0> I;
  int<lower=0> n[I];
  int<lower=0> x[I];
  real<lower=0> a;
  real<lower=0> b;
  real m;
  real<lower=0> p;
}

parameters {
  real<lower=0> lambda;
  real mu;
  real<lower=0, upper=1> theta[I];
}

transformed parameters {
  real gam[I];
  for( j in 1:I)
   gam[j] = log(theta[j] / (1-theta[j])) ;
}


model {
  target +=  gamma_lpdf( lambda |  a, b);
  target +=  normal_lpdf( mu | m , 1/sqrt(p));
  target +=  normal_lpdf( gam | mu, 1/sqrt(lambda));
  target +=  binomial_lpmf( x | n , theta);
}

R代码

library(rstan)
fit <- stan(
  file = "hospital.stan" , 
  data = dat , 
  iter = 20000,
  warmup = 2000,   
  chains = 1
)

数据

structure(
  list(
      I = 12L, 
      n = c(47, 211, 810, 148, 196, 360, 119,  207, 97, 256, 148, 215), 
      x = c(0, 8, 46, 9, 13, 24, 8, 14, 8, 29, 18, 31), 
      a = 2, 
      b = 2, 
      m = 0, 
      p = 0.01), 
  .Names = c("I", "n", "x", "a", "b", "m", "p")
)

---更新解决方案---

Ben Goodrich 指出的问题是，我是从 theta 推导 Gamma 的，而 Gamma 应该是相反的，因为 Gamma 是我的随机变量。正确的 stan 代码如下。

data {
    int<lower=0> I;
    int<lower=0> n[I];
    int<lower=0> x[I];
    real<lower=0> a;
    real<lower=0> b;
    real m;
    real<lower=0> p;
}

parameters {
    real<lower=0> lambda;
    real mu;
    real gam[I];
}

transformed parameters {
    real<lower=0 , upper=1> theta[I];
    // theta = inv_logit(gam);  // Alternatively can use the in-built inv_logit function which is vectorised
    for(j in 1:I){
        theta[j] = 1 / ( 1 + exp(-gam[j]));
    }
}

model {
    target +=  gamma_lpdf( lambda |  a, b);
    target +=  normal_lpdf( mu | m , 1/sqrt(p));
    target +=  normal_lpdf( gam | mu, 1/sqrt(lambda));
    target +=  binomial_lpmf( x | n ,  theta );
}

Answer 1

作为提示，尝试将 gam(ma) 放在 parameters block 中，然后在 transformed 中声明和定义 theta parameters 根据您一开始给出的分布进行分组。

Stan 的初学者通常认为 Stan 有能力从逻辑上计算出你的 Stan 程序的含义，但实际上它被相当字面地转译为 C++ 和来自转换参数的代码行和 model block 被一遍又一遍地执行。

gam(ma) 或 theta 是原始参数会产生差异的原因与变量变化原则有关。如果您真的想要，如果您向 target 添加雅可比行列式项(以对数为单位)，您可以获得与原始参数化相同的结果，但是通过移动 可以更容易地避免这种情况gam(ma) 到 parameters block ，theta 到 transformed parameters block 。有关变量更改原则的详细信息，请参阅此 case study .