r - 将 broom::glance() 与 glmmTMB 结合使用

Question

我已经使用 glmmTMB 运行了一组 23 个模型。 (我已将我的模型设置为列表，示例代码如下所示)

cand.models<-list()
cand.models[[1]]<-glmmTMB(count~depth + slope + SST + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)
cand.models[[2]]<-glmmTMB(count~depth + slope + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)

我想创建一个汇总表，为 cand.models 中包含的每个模型提供偏差。我尝试使用 broom::glance()，它应该创建一个“一行”摘要，其中包括偏差，以及 AIC 和 BIC 等其他内容。

summ.table<-do.call(rbind, lapply(cand.models, broom::glance))

但是，输出不包括模型偏差! (它仅包括 sigma、logLik、AIC、BIC 和 df.residual)。有谁知道为什么它不提供偏差(也许是 glmmTMB 特有的问题？)。或者，是否有人有替代解决方案来提取偏差？

Answer 1

跟进评论:"master" version of broom不包括 glmmTMB 模型的 glance 方法，这意味着 glance 不适用于 glmmTMB 模型。

您使用的 broom 版本是 forked版本 Ben Bolker (bbolker)他向其中添加了一个适用于 glmmTMB 模型对象的新 glance 方法。但是，此 glance 方法在输出中不包含 deviance。尽管如此，由于 deviance = -2*log(likelihood)，您可以执行以下操作:

summ.table$deviance = -2 * summ.table$logLik