snakemake - 在参数中使用通配符

Question

在snakemake中使用config.yaml文件定义参数时是否可以使用通配符？我使用通用 R 脚本来制作相同的基本热图，但具有不同的输入矩阵。我想使用通配符从我的 config.yaml 文件中为每个热图指定热图的配置(例如 K 均值聚类的 K 数)。

例如:

rule heatmap:
    input: {condition}.mat
    output: {condition}.png
    params: clusters=config["heatmap-{condition}"][k]
    log: "logs/results/heatmap-{condition}.log" 

这样我就可以在我的 config.yaml 文件中将 k 的数量定义为 20，当 {condition} = "development" :

heatmap-development:
  k:
    - 20

现在我得到一个 KeyError为 '{condition}' .任何帮助将不胜感激，非常感谢

Answer 1

您需要在 params 指令中使用一个函数才能知道通配符。

rule heatmap:
        input: {condition}.mat
        output: {condition}.png
        params: clusters = lambda w: config["heatmap-{}".format(w.condition)][k]
        log: "logs/results/heatmap-{condition}.log"

在此处阅读更多信息: http://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/rules.html#non-file-parameters-for-rules