r - 汇总列值的组合

Question

我有一个包含两列的数据框

richness<- data.frame ("replicate_id"=c("1", "9", "10"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4))

我试图得到一个结果，其中我拥有 replicate_id 的所有组合和 richness 的总和以及相关的复制所以

[1] - 3

[9] - 2

[10] - 4

[1+9] - 5

[1+10] - 7

[9+10] - 6

[1+9+10] - 9

最终，我不关心 replicate_id 并且只希望结果输出类似于:

output<- data.frame ("n.replicates"=c("1", "1", "1", "2", "2", "2", "3"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4, 5, 7, 6, 9))

我在一个嵌套的 for 循环中有这个，因为我有多天的相同数据。注意:这意味着复制 ID 的长度每天都在变化(在示例中我只有三个，但依赖的数量越来越多)。我似乎已经尝试了一百万件事。这就是我用来获取组合的方法:

library(gtools)
for (i in 1:length(richness$replicate_id)){
  combs <-  data.frame(combinations (length(richness$replicate_id), i, richness$replicate_id))}

但在那之后我尝试的一切都失败了，我尝试创建一个行值向量，然后在 replicate_id 是否在行值向量中时求和，但无济于事。

任何帮助将不胜感激，希望这是有道理的？除了遇到问题之外，我还在为如何表达问题而苦恼。

Answer 1

我们可以使用lapply 并遍历richness 的每一行，然后创建richness 的所有组合，取x一次。然后我们创建该组合的数据框，然后将它们rbind 在一起。

do.call("rbind", lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
   temp = combn(richness$richness, x)
   data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 }))


#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4
#4           2        5
#5           2        7
#6           2        6
#7           3        9

没有do.call参数返回的中间步骤

lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
  temp = combn(richness$richness, x)
  data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 })

#   [[1]]
#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4

#[[2]]
#  n.replicate richness
#1           2        5
#2           2        7
#3           2        6

#[[3]]
#  n.replicate richness
#1           3        9