r - 使用 if else 条件将模型拟合到分组数据

Question

为了简化重现性，我使用了来自 ResourceSelection 的 goats 数据集包含空间数据的包，用于山羊的已使用 (STATUS == 1) 和“可用”(STATUS == 0) GPS 位置。 ID 用于个体 (n = 10)，ELEVATION, ... , TASP 是点的属性。

library(ResourceSelection)
head(goats)
  STATUS ID ELEVATION   SLOPE       ET   ASPECT       HLI      TASP
1      1  1       651 38.5216  35.3553 243.1131 0.9175926 0.9468804
2      1  1       660 39.6927  70.7107 270.0000 0.8840338 0.6986293
3      1  1       316 20.5477  50.0000 279.2110 0.7131423 0.5749115
4      1  1       334 34.0783  35.3553 266.1859 0.8643775 0.7447368
5      1  1       454 41.6187  25.0000 258.3106 0.9349181 0.8292587
6      1  1       343 28.4694 103.0776 237.0426 0.8254866 0.9756112

我想为按 Season(在下面创建)分组的每个人安装一个 glm，但模型结构会因季节而异。我一直在使用一些有用的 SO posts及其他resources但它们都适合每个组的单一模型，因为我想为每个 Season 分组适合不同的模型。

#Add a new `Season` field 
library(tidyverse)

goats <- goats %>% 
  mutate(Season = if_else(ID %in% 1:3, "Summer",
                          if_else(ID %in% 4:7, "Winter", "Fall")))

下面我创建了一个模型构建函数，并使用 if else 指定了每个季节的特定模型。

SeasonalMods <- function(df) {
  #Models for Archery
  if(Season == "Summer") {
    glm(STATUS ~ SLOPE + I(SLOPE^2), data = df)
  #Models for Winter  
  } else if (Season == "Winter") {
    glm(STATUS ~ SLOPE + ASPECT + TASP, data = df)
  #Models for Fall
   } else if (Season == "Fall") {
    glm(STATUS ~ ELEVATION + SLOPE + ET + ASPECT + HLI + TASP, data = df)}
  }

然后我尝试将函数映射到分组数据并创建新的列表列，如下所示。

ModelFits <- goats %>%
  group_by(Season, ID) %>% 
  nest() %>% 
  mutate(fits = map(data, SeasonalMods),
         tidied = map(fits, tidy),
         glanced = map(fits, glance),
         augmented = map(fits, augment))

这会产生以下错误:

Error in mutate_impl(.data, dots) : 
  Evaluation error: object 'Season' not found

我不确定如何在 SeasonalMods 函数中正确指定 Season 以便它可以被 map() 解释。

我试图在 if 和 else if 语句中的 Season 前面添加 df$，但是这也会产生错误。

Answer 1

在我建议使用 modelr 之后，我没有使用它。就像我上面说的，你的函数 SeasonalMods 不知道 Season 是它作为参数的数据框中的一列，所以你会得到错误不明确的。一种替代方法是向函数添加第二个参数以获取季节。由于您正在嵌套数据，因此现在很容易将数据和季节传递给您的建模函数。我正在使用 map2，因为列 data 和 Season 的长度相同。

library(tidyverse)
library(broom)

这个函数的所有内部结构都是一样的——我只添加了第二个参数。

SeasonalMods <- function(df, Season) {
  ...
}

为了说明您使用的 broom 函数，我添加了 tidied 列，并将此数据框保存出来:

models <- goats %>%
  group_by(Season, ID) %>%
  nest() %>%
  mutate(fits = map2(data, Season, ~SeasonalMods(.x, .y))) %>%
  mutate(tidied = map(fits, tidy))

head(models)
#> # A tibble: 6 x 5
#>   Season    ID data                 fits      tidied          
#>   <chr>  <int> <list>               <list>    <list>          
#> 1 Summer     1 <tibble [2,106 × 7]> <S3: glm> <tibble [3 × 5]>
#> 2 Summer     2 <tibble [1,668 × 7]> <S3: glm> <tibble [3 × 5]>
#> 3 Summer     3 <tibble [1,539 × 7]> <S3: glm> <tibble [3 × 5]>
#> 4 Winter     4 <tibble [951 × 7]>   <S3: glm> <tibble [4 × 5]>
#> 5 Winter     5 <tibble [1,908 × 7]> <S3: glm> <tibble [4 × 5]>
#> 6 Winter     6 <tibble [2,184 × 7]> <S3: glm> <tibble [4 × 5]>

只是为了检查模型是否针对不同的季节获得了不同的公式:

models$fits[[1]]
#> 
#> Call:  glm(formula = STATUS ~ SLOPE + I(SLOPE^2), data = df)
#> 
#> Coefficients:
#> (Intercept)        SLOPE   I(SLOPE^2)  
#>   -0.042618    -0.000989     0.000375  
#> 
#> Degrees of Freedom: 2105 Total (i.e. Null);  2103 Residual
#> Null Deviance:       468 
#> Residual Deviance: 337.2     AIC: 2127

models$fits[[6]]
#> 
#> Call:  glm(formula = STATUS ~ SLOPE + ASPECT + TASP, data = df)
#> 
#> Coefficients:
#> (Intercept)        SLOPE       ASPECT         TASP  
#>    0.024625     0.017838    -0.001768     0.215217  
#> 
#> Degrees of Freedom: 2183 Total (i.e. Null);  2180 Residual
#> Null Deviance:       485.3 
#> Residual Deviance: 385.7     AIC: 2421