macos - 为什么我在 Primer3/eprimer3 Mac OSX 构建中出现此错误？

Question

我在 mac osx 构建中遇到此错误。

Primer3/eprimer3 问题:

Error: thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified

来自:

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH (string; default ./primer3_config)

此标记指定包含热力学方法使用的所有参数文件的目录路径。在 Linux 中，如果未定义此标记，则会测试两个默认位置:./primer3_config/ 和 /opt/primer3_config/。对于 Windows，只有一个默认位置:.\primer3_config\。

我将 primer3_config 放入 bin 中的 PATH 中，但仍然无法解决此问题。我什至做了:

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src

和

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src/primer3_config

没有用。

Answer 1

根据 primer3 手册:

1.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH must point to the right location. This tag specifies the path to the directory that contains all the parameter files used by the thermodynamic approach. In Linux, there are two default locations that are tested if this tag is not defined: ./primer3_config/ and /opt/primer3_config/. For Windows, there is only one default location: .\primer3_config. If the the parameter files are not in one these locations, be sure to set PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH.

因此，如果您使用 Make 命令下载并编译 primer3 表单源，要让 primer3 全局运行，您需要将可执行文件 primer3_core 复制到您的路径中，然后将配置目录 primer3_config 放在同一目录或 /opt/primer3_config

cd src
sudo cp primer3_core /usr/local/bin # or /usr/bin
sudo cp -r primer3_config /opt/