r - Sweave/knitr 实现中的 mean 和 sem 函数

Question

我正在集思广益，为 Sweave/knitr 编写一个 mean 和 sem 函数。据我所知，它看起来像这样

m.se <- function (x, na.rm = TRUE) {
    if (na.rm) 
        x <- x[!is.na(x)]
    n <- length(x)
    if (n == 0) 
        return(c(mean = NA, sem = NA))
     xbar <- sum(x)/n
     se <- sqrt(sum((x - xbar)^2)/(n - 1))/sqrt(n)
     c(mean = xbar, sem = se)
     return(paste(xbar,"\\pm",se))
}

它确实做了一些工作，它给出的输出如下:

43.9303846153846 \pm 3.34823050767781

问题是它不遵守我在主环境(knitr 中的设置 block )中定义的 option()。我该如何解决这个问题。

Answer 1

您的均值和标准差代码不是最优的。正如 Dieter Menne 提到的，您可以简单地使用内置的 mean()和 sd()如果您这样做不是为了锻炼目的。

knitr package 为更好地打印数字做出了很多努力，我建议您使用这些工具而不是发明自己的格式规则。请参阅下面的解决方案( \Sexpr{} 将尊重 options('digits') ):

\documentclass{article}
\begin{document}

<<mean-sem>>=
options(digits = 3)
m.se <- function (x, ...) {
  n <- length(x)
  if (n == 0) return(c(mean = NA, sem = NA))
  se <- sd(x, ...)/sqrt(n)
  c(mean = mean(x, ...), sem = se)
}
res <- m.se(rnorm(100))
@

What you want is $\Sexpr{res['mean']} \pm \Sexpr{res['sem']}$.

\end{document}

更重要的是，这是一个可移植的解决方案——如果您想要一个 HTML 版本，您只需编写 <!--rinline res['mean']--> ± <!--rinline res['sem']--> ，并且您不必重新定义 R 函数。