R - 组合的冲积图

Question

我一直想知道如何使用 R 中的数据框生成冲积图(例如利用 ggalluvial 包)

我有一个如下所示的数据框

   GENE UNTREATED TREATED
1    G1      FOUR    FOUR
2    G2      FOUR    FOUR
3    G3      FOUR    FOUR
4    G4      FOUR   THREE
5    G5     THREE    NONE
6    G6     THREE    NONE
7    G7       TWO   THREE
8    G8       TWO     ONE
9    G9       ONE     ONE
10  G10       TWO     ONE

我想用这些数据生成冲积图。例如，图中的 2 个条形将是“未处理”和“已处理”，并且连接将基于基因在处理之前和之后改变其值的比例。绝对应该可以做到这一点，但我似乎没有掌握冲积地 block 的概念。任何帮助将不胜感激。

编辑:这是我绘制的示例草图，情节如下

谢谢。

Answer 1

这似乎就是你所追求的

dd<-read.table(text="   GENE UNTREATED TREATED
1    G1      FOUR    FOUR
2    G2      FOUR    FOUR
3    G3      FOUR    FOUR
4    G4      FOUR   THREE
5    G5     THREE    NONE
6    G6     THREE    NONE
7    G7       TWO   THREE
8    G8       TWO     ONE
9    G9       ONE     ONE
10  G10       TWO     ONE", header=TRUE)

ggplot(dd, aes(axis1=UNTREATED, axis2=TREATED)) +
  geom_alluvium() + 
  geom_stratum(width = 1/12, fill = "black", color = "grey") +
  geom_label(stat = "stratum", label.strata = TRUE)