r - R中的距离矩阵

Question

我必须使用 R 创建一个距离矩阵。我的数据在一个包含 300 行和 10 列的 Excel 文件中。我必须根据第 9 列的值创建距离矩阵。例如

   s s s s s
s  1
s  2 2
s  3 3 4
s  4 4 7 3
s  5 5 8 2 8

如何创建这种类型的矩阵？

Answer 1

据我所知，最简单的选择是将包含数据的 Excel 工作表保存为 CSV 文件。确保只有工作表的第一行和第一列包含任何样本或变量名称。

然后使用以下命令读入 R:

dat <- read.csv("path/to/my/file.csv")

然后在第9列使用dist()计算相异矩阵

dij <- dist(dat[, 9])

如果你想要欧几里得距离以外的东西，请参阅 ?dist 中的选项，如果这些不适合，请尝试推荐包中的 daisy() 函数cluster，或包 中的 vegdist() 函数 vegan 或 proxy 包。