java - 我如何选择多个链作为biojava中结构对齐的结构对象

Question

我正在尝试使用 BioJava 库进行结构对齐。我想从一个结构对象中一个接一个地挑选一些链，并将它们添加到另一个结构对象中，这样我就可以与它们进行结构对齐，但我还不知道如何做。到目前为止我编写的代码如下，但它给出了空指针异常(可能是因为 new_struct 设置为 null)。我还能尝试什么？

 private static Structure prepareStructures(String structure_name, AtomCache cache){

    Structure structure = null;
    Structure new_structure = null;
    String[] pdbnchain;
    try{
        pdbnchain = structure_name.split("\\.");
        structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
        for(int i = 0; i < pdbnchain[1].length(); i++){
            String letter = pdbnchain[1].charAt(i)+"";
            new_structure.addChain(structure.getChainByPDB(letter));
        }
    } catch(Exception ex){
        ex.printStackTrace();
    }
    return new_structure;
}

Answer 1

你可以使用:

Structure new_structure = structure.clone();

获得结构的相同副本。然后您也将在 new_struct 中拥有第一个结构的所有链。

也许你应该在以下时间之后这样做:

structure = cache.getStructure(pdbnchain[0]);
new_structure = structure.clone();

具有非空值。请引用this文档。

您还可以尝试:

Structure new_structure = new StructureImpl(); // StructureImpl implements Structure interface.