r - 如何以规范的方式将 as.list 扩展到 S4 对象

Question

我在将我的 S4 对象转换回列表时遇到了一些问题。例如，以下嵌套的 S4 类:

setClass("nssItem", 
         representation(value = "numeric", text = "character", prefix = "character", type = "character"),
         prototype(value = as.numeric(NA), text = as.character(NA), prefix = as.character(NA), type = as.character(NA))

         ) 

setClass("geckoNss", representation(absolute = "character", item = "nssItem"))

geckoNss 类的对象包含nssItem 类的对象。从概念上讲，这似乎是一个允许嵌套的类似列表的结构。

然而，

> temp <- new("nssItem")
> as.list(temp)
Error in as.list.default(temp) : 
  no method for coercing this S4 class to a vector

我理解这个错误，也就是说，我还没有真正定义 as.list 的含义或它如何应用于 nssItem 类。尽管如此，这似乎是一个非常自然的操作。我如何将 as.list 的定义扩展到我定义的所有新类？

Answer 1

这是第二种更通用的解决方案。它使用一个父类(super class)，您可以从中派生所有用户定义的类。说明在 # 注释中。

#this is an "empty" superclass that characterises all user-defined classes
setClass("user_defined_class")

#we create an as.list method for this new superclass (this time an S4 method)
setMethod("as.list",signature(x="user_defined_class"),function(x) {
  mapply(function(y) {
    #apply as.list if the slot is again an user-defined object
    #therefore, as.list gets applied recursively
    if (inherits(slot(x,y),"user_defined_class")) {
      as.list(slot(x,y))
    } else {
      #otherwise just return the slot
      slot(x,y)
    }
  },
slotNames(class(x)),
SIMPLIFY=FALSE)
})

setClass("nssItem", 
     representation(value = "numeric",
                    text = "character",
                    prefix = "character",
                    type = "character"),
     prototype(value = as.numeric(NA),
               text = as.character(NA),
               prefix = as.character(NA),
               type = as.character(NA)),
     #note the contains argument that flags the nssItem class as user-defined
     contains="user_defined_class")

setClass("geckoNss",
         representation(absolute = "character", item = "nssItem"),
         #the same for the geckoNss class
         contains="user_defined_class")

现在为每个类创建一个对象

temp <- new("nssItem")
tempGecko<-new("geckoNss")

强制 temp 列出

as.list(temp)
#$value
#[1] NA
#
#$text
#[1] NA
#
#$prefix
#[1] NA
#
#$type
#[1] NA

还有 tempGecko 对象

as.list(tempGecko)
#$absolute
#character(0)
#
#$item
#$item$value
#[1] NA
#
#$item$text
#[1] NA
#
#$item$prefix
#[1] NA
#
#$item$type
#[1] NA