r - R 中 p.adjust 方法的默认方法是什么？

Question

希望这不是一个愚蠢的问题，但我无法找出 p.adjust 的默认调整方法是什么|在 R 中。?p.adjust 中没有任何内容关于默认方法。

我认为这是 Holm 方法，但我找不到说明这一点的文档。

Answer 1

如果你看 ?p.adjust ， 你会看见:

 p.adjust.methods
 # c("holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY",
 #   "fdr", "none")

因此，没有特别说明的默认值是第一个:“holm”。

我认为这个问题确实与 R 如何获取默认函数参数值有关。我将展示一些我熟悉的功能:

 density(x, bw = "nrd0", adjust = 1,
         kernel = c("gaussian", "epanechnikov", "rectangular",
                    "triangular", "biweight",
                    "cosine", "optcosine"),
         weights = NULL, window = kernel, width,
         give.Rkern = FALSE,
         n = 512, from, to, cut = 3, na.rm = FALSE, ...)

 ksmooth(x, y, kernel = c("box", "normal"), bandwidth = 0.5,
         range.x = range(x),
         n.points = max(100L, length(x)), x.points)

 loess(formula, data, weights, subset, na.action, model = FALSE,
       span = 0.75, enp.target, degree = 2,
       parametric = FALSE, drop.square = FALSE, normalize = TRUE,
       family = c("gaussian", "symmetric"),
       method = c("loess", "model.frame"),
       control = loess.control(...), ...)

我们看到一些函数参数只有一个默认值，比如 bw = "nrd0"在 density() ;而有些有一组值，比如

kernel = c("gaussian", "epanechnikov", "rectangular",
                    "triangular", "biweight",
                    "cosine", "optcosine")

在 density() .好吧，无一异常(exception)，除非找到特定的用户输入，否则将使用这些默认值的第一个元素。