解决包 "veg_distance"的 metaMDS 错误 : "vegan" not available for . C()

Question

尝试从 vegan 包运行 metaMDS() 时，我不断收到以下错误:

my_mds <- vegan::metaMDS(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=TRUE)


Error in .C("veg_distance", x = as.double(x), nr = N, nc = ncol(x), d = double(N *  :  
"veg_distance" not available for .C() for package "vegan"

我试过:
1. 在线搜索此错误 - 结果为零
2. 将我的数据框的大小减少到 17 行和 12 列
3.清除全局环境中的所有包以消除潜在的包冲突
4. 指定 vegan::metaMDS

没有任何效果。你能帮忙解决这个错误吗？

示例数据在这里:

structure(list(Species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667, 
36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333, 
41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75, 
50.1666666666667, 35.25, 42), Species_2 = c(21.3333333333333, 
26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25, 
24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333, 
18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333, 
21.5, 22.8333333333333), Species_3 = c(11.6666666666667,     7.66666666666667, 
18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667, 
48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273, 
11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667, 
6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), Species_4 = c(2.5, 
3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333, 
4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667, 
1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667, 
3.58333333333333), Species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25, 
4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667, 
5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667,     2.66666666666667, 
2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), Species_6 =     c(0.0833333333333333, 
0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333, 
0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333,     0.208333333333333, 
0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667, 
0.708333333333333, 0.166666666666667), Species_7 = c(1.5,     2.45833333333333, 
2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333, 
2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375, 
2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2
), Species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75,     1.20833333333333, 
0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667, 
1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667, 
0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333, 
0.583333333333333), Species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333, 
0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667, 
0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25,  0.291666666666667, 
0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), Species_10 =   c(0.166666666666667, 
0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333, 
0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909, 
0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333, 
0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), Species_11 = c(0.125, 
0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667, 
0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667, 
0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667, 
0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), Species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 
0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -17L), .Names = c("Species_1", 
"Species_2", "Species_3", "Species_4", "Species_5", "Species_6", 
"Species_7", "Species_8", "Species_9", "Species_10", "Species_11", 
"Species_12"))

session 信息:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] dplyr_0.5.0     MASS_7.3-47     vegan_2.4-3     lattice_0.20-35     permute_0.9-4  

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.10     assertthat_0.2.0 grid_3.4.0       R6_2.2.0             nlme_3.1-131     DBI_0.6-1       
 [7] magrittr_1.5     lazyeval_0.2.0   Matrix_1.2-10    tools_3.4.0         parallel_3.4.0   compiler_3.4.0  
[13] cluster_2.0.6    mgcv_1.8-17      tibble_1.3.0    

Answer 1

重新安装素食主义者。 R 版本 3.4.0 与 R 3.3.x 二进制不兼容，所有带有编译代码的包都必须在 R 3.4.0 中重新安装。