java - 如何使用多个不同的输入文件自动运行java中的同一个类

Question

我想知道如何使用不同的命令行选项运行同一个 java 类，而无需手动更改这些命令行选项？

基本上，对于 inputFile 和 treeFile，我有 100 多种不同的这两个文件的组合。我无法在 IntelliJ 中进行“编辑配置”来手动获取 treeFile 和 inputFile 的每个组合的结果。

任何人都可以给我一些建议，例如如何创建这些 inputFile 和 treeFile 的循环，以便我不需要为每个组合手动指定它们。

非常感谢您的帮助!!!!

@Option(gloss="File of provided alignment")
public File inputFile;


@Option(gloss="File of the tree topology")
public File treeFile;

我的java类代码如下:

public class UniformizationSample implements Runnable
{

@Option(gloss="File of provided alignment")
    public File inputFile;


@Option(gloss="File of the tree topology")
public File treeFile;

@Option(gloss="ESS Experiment Number")
public int rep = 1;

@Option(gloss="Rate Matrix Method")
public RateMtxNames selectedRateMtx = RateMtxNames.POLARITYSIZEGTR;

@Option(gloss = "True rate matrix generating data")
public File rateMtxFile;

@Option(gloss="Use cache or not")
public boolean cached=true;

private final PrintWriter detailWriter = BriefIO.output(Results.getFileInResultFolder("experiment.details.txt"));


public void run()  {
    ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
    double[][] array;
    EndPointSampler.cached=cached;

    try (FileInputStream in = new FileInputStream(rateMtxFile)) {
        array = mapper.readValue(in, double[][].class);
        long startTime = System.currentTimeMillis();
        UnrootedTreeLikelihood<MultiCategorySubstitutionModel<ExpFamMixture>> likelihood1 =
                UnrootedTreeLikelihood
                        .fromFastaFile(inputFile, selectedRateMtx)
                        .withSingleRateMatrix(array)
                        .withExpFamMixture(ExpFamMixture.rateMtxModel(selectedRateMtx))
                        .withTree(treeFile);
        Random rand = new Random(1);
        likelihood1.evolutionaryModel.samplePosteriorPaths(rand, likelihood1.observations, likelihood1.tree);
        logToFile("Total time in seconds: " + ((System.currentTimeMillis() - startTime) / 1000.0));

    } catch (FileNotFoundException e) {
        e.printStackTrace();
    } catch (JsonMappingException e) {

    } catch (IOException e) {
        e.printStackTrace();
    }


}

public static void main(String [] args)
{
    Mains.instrumentedRun(args, new UniformizationSample());
}


public void logToFile(String someline) {
    this.detailWriter.println(someline);
    this.detailWriter.flush();
}


}

Answer 1

在 IntelliJ IDEA 中无法执行此操作。但是，您可以修改您的 UniformizationSample 类，以便它将输入数据作为方法参数，并编写另一个 Java 类，该类将循环您的输入并使用必要的参数调用您的类。