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我最近的任务是将 PMML 解析回 R 模型。 (我进行了广泛搜索,没有库可以为您进行这种转换。)我正在尝试将包含多项逻辑回归的 PMML 转换回 R 模型,但我不知道如何转换任何PMML 文档中保存的系数转换为 R 模型保存的系数。
PMML 如下:
<?xml version="1.0"?>
<PMML version="4.2" xmlns="http://www.dmg.org/PMML-4_2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.dmg.org/PMML-4_2 http://www.dmg.org/v4-2/pmml-4-2.xsd">
<Header copyright="Copyright (c) 2014 hlin117" description="Generalized Linear Regression Model">
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<Timestamp>2014-06-23 13:04:17</Timestamp>
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</GeneralRegressionModel>
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R模型持有的系数如下:
Coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -5.779e+00 1.108e+04 -0.001 0.999584
ID 3.922e-08 6.187e-08 0.634 0.526164
Age 2.705e-02 1.388e-02 1.949 0.051314 .
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EmploymentPSState 8.151e-01 1.011e+00 0.806 0.420221
EmploymentSelfEmp 2.217e-01 9.859e-01 0.225 0.822066
EmploymentVolunteer -1.667e+01 1.075e+04 -0.002 0.998764
EducationBachelor 4.297e-01 7.768e-01 0.553 0.580154
EducationCollege -1.234e+00 8.393e-01 -1.470 0.141592
EducationDoctorate 1.604e+00 1.697e+00 0.945 0.344690
EducationHSgrad -5.332e-01 7.613e-01 -0.700 0.483661
EducationMaster -3.705e-01 1.117e+00 -0.332 0.740081
EducationPreschool -1.306e+01 3.588e+03 -0.004 0.997096
EducationProfessional 1.600e+00 1.251e+00 1.279 0.200733
EducationVocational -3.887e-01 1.023e+00 -0.380 0.703998
EducationYr10 -2.121e+00 1.897e+00 -1.118 0.263626
EducationYr11 -3.222e-01 1.294e+00 -0.249 0.803322
EducationYr12 -4.786e+00 1.235e+01 -0.388 0.698298
EducationYr1t4 -1.588e+01 4.174e+03 -0.004 0.996965
EducationYr5t6 -1.779e+01 2.356e+03 -0.008 0.993976
EducationYr7t8 -1.659e+01 1.951e+03 -0.009 0.993214
EducationYr9 -1.672e+01 2.680e+03 -0.006 0.995022
MaritalDivorced -6.700e-01 8.277e-01 -0.809 0.418238
MaritalMarried 2.269e+00 5.238e-01 4.332 1.48e-05 ***
MaritalMarried-spouse-absent 1.299e+00 1.385e+00 0.938 0.348362
MaritalUnmarried 1.570e+00 9.025e-01 1.740 0.081926 .
MaritalWidowed 7.018e-01 1.209e+00 0.581 0.561438
OccupationClerical 1.060e+00 1.224e+00 0.866 0.386731
OccupationExecutive 1.851e+00 1.138e+00 1.627 0.103649
OccupationFarming 1.189e-01 1.530e+00 0.078 0.938065
OccupationHome -1.296e+01 6.601e+03 -0.002 0.998434
OccupationMachinist 2.869e-01 1.299e+00 0.221 0.825190
OccupationMilitary -1.318e+01 1.075e+04 -0.001 0.999022
OccupationProfessional 1.589e+00 1.187e+00 1.339 0.180656
OccupationProtective 1.099e+00 1.622e+00 0.678 0.497935
OccupationRepair 1.641e-01 1.204e+00 0.136 0.891597
OccupationSales 7.170e-01 1.205e+00 0.595 0.551929
OccupationService -5.600e-02 1.348e+00 -0.042 0.966858
OccupationSupport 8.431e-01 1.348e+00 0.626 0.531515
OccupationTransport 3.488e-01 1.242e+00 0.281 0.778911
Income 1.442e-06 3.112e-06 0.463 0.643050
GenderMale 1.510e-01 5.361e-01 0.282 0.778254
Deductions 1.476e-03 4.109e-04 3.593 0.000327 ***
Hours 2.116e-02 1.433e-02 1.476 0.139922
IGNORE_AccountsChina -2.048e+01 1.867e+04 -0.001 0.999125
IGNORE_AccountsColumbia -2.085e+01 1.294e+04 -0.002 0.998715
IGNORE_AccountsCuba -1.942e+01 1.544e+04 -0.001 0.998997
IGNORE_AccountsEcuador -1.701e+01 1.544e+04 -0.001 0.999121
IGNORE_AccountsEngland -1.418e+01 1.109e+04 -0.001 0.998980
IGNORE_AccountsGermany -4.952e-02 1.108e+04 0.000 0.999996
IGNORE_AccountsGreece -1.645e+01 1.544e+04 -0.001 0.999150
IGNORE_AccountsGuatemala -2.767e+00 1.459e+04 0.000 0.999849
IGNORE_AccountsHong -3.325e+00 1.557e+04 0.000 0.999830
IGNORE_AccountsIndia -1.506e+01 1.110e+04 -0.001 0.998918
IGNORE_AccountsIndonesia -1.692e+01 1.225e+04 -0.001 0.998897
IGNORE_AccountsIreland -3.329e+00 1.108e+04 0.000 0.999760
IGNORE_AccountsItaly -1.663e+01 1.304e+04 -0.001 0.998982
IGNORE_AccountsJamaica -2.174e+01 2.163e+04 -0.001 0.999198
IGNORE_AccountsJapan -1.577e+01 1.544e+04 -0.001 0.999185
IGNORE_AccountsMalaysia -1.903e+01 1.206e+04 -0.002 0.998741
IGNORE_AccountsMexico -9.440e+00 1.108e+04 -0.001 0.999320
IGNORE_AccountsNewZealand 1.773e-01 1.562e+04 0.000 0.999991
IGNORE_AccountsNicaragua -1.786e+01 1.200e+04 -0.001 0.998812
IGNORE_AccountsPhilippines -9.526e-01 1.108e+04 0.000 0.999931
IGNORE_AccountsPoland -1.878e+01 1.544e+04 -0.001 0.999030
IGNORE_AccountsPortugal -1.432e+00 1.557e+04 0.000 0.999927
IGNORE_AccountsSingapore -1.778e+01 1.225e+04 -0.001 0.998842
IGNORE_AccountsTaiwan -1.922e+01 1.259e+04 -0.002 0.998782
IGNORE_AccountsUnitedStates -2.519e+00 1.108e+04 0.000 0.999819
IGNORE_AccountsVietnam -1.984e+01 1.250e+04 -0.002 0.998734
IGNORE_AccountsYugoslavia -1.774e+01 1.544e+04 -0.001 0.999083
RISK_Adjustment 3.802e-03 6.819e-04 5.575 2.47e-08 ***
(生成此 GLM 模型和相应的 PMML 的 R 脚本如下:
library(pmml)
auditDF <- read.csv("http://rattle.togaware.com/audit.csv")
auditDF <- na.omit(auditDF)
target <- auditDF$TARGET_Adjusted
N <- length(target); M <- N - 500
i.train <- sample(N, M)
audit.train <- auditDF[i.train,]
audit.test <- auditDF[-i.train,]
glm.model <- glm(audit.train$TARGET_Adjusted ~ ., data = audit.train, family = "binomial")
glm.pmml <- pmml(glm.model, name = "glm model", data = trainDF)
xmlFile <- file.path(getwd(), "audit-glm.xml")
saveXML(glm.pmml, xmlFile)
来源:http://blog.revolutionanalytics.com/2011/03/predicting-r-models-with-pmml.html)
最佳答案
我想这完全取决于您将模型放回 R 后要对其执行的操作。有一次我帮助某人创建了一个伪 gml 对象,该对象知道变量的系数并且可以与 预测()
。许多其他功能需要存在填充数据集。
如果您可能对此感兴趣。该函数称为 makeglm.R .您将只想将该函数复制并粘贴到您的 R session 中。但是有必要首先转换您的数据。这里有一些辅助函数可以做到这一点。
getdata <- function(xml, ns=attr(xml,"ns")) {
names<-xpathSApply(xml, "//d:DataField/@name", namespaces = ns)
vals<-xpathApply(xml, "//d:DataField", function(x) {
if(xmlGetAttr(x, "optype")=="categorical") {
levels<-xpathSApply(x, "Value/@value")
factor(character(0), levels=levels)
} else if (xmlGetAttr(x, "optype")=="continuous"){
numeric(0)
}
}, namespaces = ns)
names(vals)<-names
as.data.frame(vals)
}
getformula <- function(xml, ns=attr(xml,"ns")) {
resp<-xpathSApply(xml, "//d:MiningField[@usageType=\"predicted\"]/@name",
namespaces = ns)
covar<-xpathSApply(xml, "//d:MiningField[@usageType=\"active\"]/@name",
namespaces = ns)
fmc<-paste(paste(resp, collapse=" + "), "~", paste(covar, collapse=" + "))
as.formula(fmc)
}
getestimates <- function(xml, ns=attr(xml,"ns")) {
betas <- setNames(as.numeric(xpathSApply(xml, "//d:PCell/@beta", namespaces = ns)),
xpathSApply(xml, "//d:PCell/@parameterName", namespaces = ns))
numericparam <- unname(xpathSApply(xml, "//d:CovariateList/d:Predictor/@name", namespaces = ns))
factorparam <- unname(xpathSApply(xml, "//d:FactorList/d:Predictor/@name", namespaces = ns))
values <- do.call(rbind, Map(function(x,y,z) data.frame(p=x, val=y, pred=z, stringsAsFactors=F),
unname(xpathSApply(xml,"//d:PPCell/@parameterName", namespaces = ns)),
xpathSApply(xml, "//d:PPCell/@value", namespaces = ns),
xpathSApply(xml, "//d:PPCell/@predictorName", namespaces = ns)))
lf<-Map(function(x) {
vv <- values[values$pred==x, ]
setNames(betas[vv$p], vv$val)
}, factorparam)
ln<-Map(function(x) {
vv <- values[values$pred==x, ]
unname(betas[vv$p])
}, numericparam)
estimates<-c(lf,ln)
intercept<-getNodeSet(xml,"//d:Parameter[@label=\"(Intercept)\"]", namespaces = ns)
if(length(intercept)) {
estimates<-c(unname(betas[xmlGetAttr(intercept[[1]],"name")]), estimates)
}
estimates
}
我一点也不熟悉 PMML 格式,但我根据您的示例文档将它们放在一起。我尝试从数据中提取构建公式、data.frame stub 和参数估计所需的所有正确信息,以便使用 makeglm()
函数。加载该函数和这些辅助函数后,您可以运行
library(XML)
mypmml <- xmlParse("pmml.xml")
attr(mypmml, "ns")<-"d"
dd <- getdata(mypmml)
ff <- getformula(mypmml)
ee <- getestimates(mypmml)
do.call(makeglm, c(list(ff, family="binomial", data=dd), ee))
实际运行函数。这将返回一个 glm
对象,您可以将其与 predict()
一起使用。我确实必须更改您的示例数据中的一件事。由于某种原因,您将表名作为 glm 模型中公式的一部分
glm(audit.train$TARGET_Adjusted ~ ., data = audit.train, ...)
而不是
glm(TARGET_Adjusted ~ ., data = audit.train, ...)
这可能会导致问题。所以我在读入之前从 xml 文件中取出了“audit.train$”。也许可以进行更多的错误检查,但我什至不确定这是否最终是您想要的。
关于r - 将表示多项逻辑回归的 PMML 转换回 R 系数,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/24374503/
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