r - 使用 metafor 包将科学记数法中的标签添加到森林图中

Question

所以我正在使用 meta.for 进行元分析包裹在 R .我正在准备在科学期刊上发表的数字，我想将 p 值添加到我的森林图中，但科学注释的格式为

x10-04

而不是标准
e-04
然而参数 ilab在 forest函数不接受 expression类对象，但只有向量

这是一个例子:

library(metafor)
data(dat.bcg)

## REM 
res <- rma(ai = tpos, bi = tneg, ci = cpos, di = cneg, data = dat.bcg,
           measure = "RR",
           slab = paste(author, year, sep = ", "), method = "REML")
# MADE UP PVALUES
set.seed(513)
p.vals <- runif(nrow(dat.bcg), 1e-6,0.02)

# Format pvalues so only those bellow 0.01 are scientifically notated
p.vals <- ifelse(p.vals < 0.01, 
                 format(p.vals,digits = 3,scientific = TRUE,trim = TRUE),
                 format(round(p.vals, 2), nsmall=2, trim=TRUE))

## Forest plot
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")

我希望 p 值的科学记数法格式为

x10-04

我见过的类似问题的所有答案都建议使用 expression()但这给了 Error in cbind(ilab) : cannot create a matrix from type 'expression'这是有道理的，因为 forest 上的帮助文件指定 ilab参数应该是一个向量。

关于如何解决此问题或解决此问题的任何想法？

Answer 1

一个hacky的解决方案是

forest.rma <- edit(forest.rma)

转到第 574 行并更改

## line 574
text(ilab.xpos[l], rows, ilab[, l], pos = ilab.pos[l],

到

text(ilab.xpos[l], rows, parse(text = ilab[, l]), pos = ilab.pos[l],

修复您的 p 值和绘图

p.vals <- gsub('e(.*)', '~x~10^{"\\1"}', p.vals)
forest(res, ilab = p.vals, ilab.xpos = 3, order = "obs", xlab = "Relative Risk")