R 封装矩阵 : get number of non-zero entries per rows/columns of a sparse matrix

Question

我有一个大的稀疏矩阵(“dgCMatrix”，维度 5e+5 x 1e+6)。我需要为每列计算有多少非零值，并制作一个只有 1 个非零条目的列名列表。

我的代码适用于小矩阵，但对于我需要处理的实际矩阵来说计算量太大。

library(Matrix)
set.seed(0)
mat <- Matrix(matrix(rbinom(200, 1, 0.10), ncol = 20))
colnames(mat) <- letters[1:20]

entries <- colnames(mat[, nrow(mat) - colSums(mat == 0) == 1])

非常欢迎任何建议!

Answer 1

使用以下方法产生类似的结果:
请注意提供的评论:

## `mat != 0` returns a "lgCMatrix" which is sparse
## don't try `mat == 0` as that is dense, simply because there are too many zeros
entries <- colnames(mat)[colSums(mat != 0) == 1]