r - 具有堆叠和分组选项的条形图，没有面网格

Question

我正在尝试使用以下数据集制作堆叠和分组的条形图:

dfplot  <- data.frame(organisms=c("M.musculus","D.melanogaster" ,"H.sapiens","O.sativa","S.pombe","C.familiaris",
           "G.gallus","P.falciparum","A.thaliana","C.elegans","D.rerio","B.taurus","S.cerevisiae","R.norvegicus","C.intestinalis","B.subtilis","E.coli"),                  
                      KEGGv2=c(20,7,21,126,106,62,26,80,5,5,13,306,8,35,32,104,107), 
                      KEGGv1=c(286,124,289,0,0,244,135,0,121,124,148,0,101,271,87,0,0),
                      Reactome=c(358,146,596,115,54,306,370,23,155,112,365,341,52,364,0,0,0))

# Melt the dataframe
melted <- melt(dfplot, "organisms")

# Reformat the data labels
melted$cat <- ''
melted[melted$variable == 'Reactome',]$cat <- "Reactome"
melted[melted$variable != 'Reactome',]$cat <- "KEGG"


ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
  facet_grid(~ organisms)+ 
  scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
  labs(y = "Number of Pathways") +
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank(),
        axis.ticks.x=element_blank(),
        legend.title=element_blank(),
        strip.text.x = element_blank(),
        strip.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))

我的输出如下:

我为每个生物体使用了一个 facet_grid，因为我想在 stack(对于 KEGGv1 和 KEGGv2)之间进行混合，然后将其与另一组 Reactome 分组。但是，在进行熔化时，x 轴每个 facet_grid 将有两个标签(KEGG 和 Reactome，这是从熔化 [cat] 中获得的变量)。我不想要那个标签，所以我删除了它们。

我想做的是为每个分组提供生物体名称，因此 17 个分组条中的每一个都将具有相应生物体的名称**。因此，我错过了这一点，我尝试了几种方法，但找不到正确的方法。

提前致谢

Answer 1

您可以做两件事来完成这项工作:

1. 旋转构面的标签，使其以 90 度角绘制
2. 使用 facet_grid 中的 switch = 'x' 参数绘制图形下方的构面标签。

这是完整的例子:

  ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
    facet_grid(~organisms, switch = 'x')+ 
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
    labs(y = "Number of Pathways") +
    theme(axis.title.x=element_blank(),
          axis.text.x=element_blank(),
          axis.ticks.x=element_blank(),
          legend.title=element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          strip.text = element_text(angle = 90))

我保留了默认的阴影背景，但您可以根据自己的喜好轻松设置样式。

方法二

您可能需要考虑旋转绘图。这需要您在调用构面之前使用 coord_flip 翻转绘图的坐标。当我们面向另一个方向时，我们将 facet 参数更改为 facet_grid(organisms~.)。所有其他引用 x 或 y 的参数都被交换:

  ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
    coord_flip() +
    facet_grid(organisms~., switch = 'y')  +
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
    labs(y = "Number of Pathways") +
    theme(axis.title.y=element_blank(),
          axis.text.y=element_blank(),
          axis.ticks.y=element_blank(),
          legend.title=element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line.x = element_line(colour = "black"),
          strip.text.y = element_text(angle = 180))