r - 有没有办法将 R 脚本文件推送到 sweave 文档中(与缠结相反)

Question

我经常创建特定的 sweave 文件来进行分析和生成 pdf 文档，但是，有时我想获取现有的 R 脚本文件并运行它，同时生成命令和输出的 pdf。我知道有一个 tangle 命令可以将 R 命令从 rnw sweave 文件中提取出来以创建 R 脚本，但我想要相反。

编辑:我考虑过创建一个仅作为 R 脚本来源的 sweave 文件，但我每次都需要编辑 sweave 文件，而且它不能很好地处理绘图和图形。

所以对于这样的示例 R 脚本(伪代码，可能无法运行)

head(mcars)
1+1
x<-3
describe(mcars)
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p + geom_point() 
print(p)

它会生成

<<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(head(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, include=TRUE>>=
1+1
x<-3
@ 
<<echo=TRUE, result=latex>>= 
print(xtable(describe(mcars)))
@ 
<<echo=TRUE, fig=TRUE, include=TRUE>>= 
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) 
p + geom_point() 
print(p)
@ 

有人做过吗？

Answer 1

我有一个名为 knitr 的包正在开发中，它可能适合您，但我需要警告您，它仍处于开发的早期阶段，因此可能存在错误。阅读不完整手册 https://github.com/downloads/yihui/knitr/knitr-manual.pdf 中关于代码引用的部分

基本上你在 Sweave 中写一个空 block ，就像

<<my-chunk-label>>=
@

并且您在外部 R 脚本中使用相同的标签(例如 foo.R)

## @knitr my-chunk-label
1 + 1; x <- 3

block 选项ref用于指定脚本的路径(例如ref=foo.R)； knitr 将读取 R 脚本并将标签与 Rnw 文档匹配。