python - 在 cytoscape 网络中映射节点大小并添加图例

Question

我使用python中的networkx包构建了多个网络，其中每个网络代表一个生物实验。然后，我将这些网络导出为 gml 文件，以便在 cytoscape 中可视化并进行比较。在每个文件中，我有两个节点属性 - 即计数和颜色。在 cytoscape 中，我将节点大小分配给它的计数。然而，节点数量之间存在巨大差异，例如有些节点数量为 100，而另一些节点数量为 50,000。我想将所有细胞景观网络中所有节点的大小映射到一个比例，并且还有一个指示相对大小的图例。下图右侧显示了一个示例!我希望你能帮助我!

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Answer 1

问题第一部分的答案是构造一个 log(count) 列。这应该会给你一个更好的范围来映射节点大小。

在样式控制面板弹出菜单中名为“创建图例...”的命令中创建图例的最佳“运输”解决方案。它导出了一个图形文件，但并没有完成足够的工作。我正在开发一个名为 Legend Creator 的应用程序，它将向 Canvas 添加图例注释。它正在 github/cytoscape 存储库上开发。