python - 带有 .nii.gz 文件的医学成像 (PyRadiomics)

Question

我正在尝试实现该包:

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

看起来非常简单，但他们需要 .nrrd 文件。我的文件是.nii.gz。我该如何解决这个问题？另外，有人尝试过在 TCIA 数据上应用 PyRadiomics 吗？如果是的话，我可以看看你的 github 或 Jupyter Notebook 吗？

非常感谢。

Answer 1

您可以先将 NII 转换为 numpy 数组，然后使用以下方法将其转换为 NRRD:

nrrd和 nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)