java - 在java中将uint32数据从hdf5文件写入数组的最简单方法是什么？

Question

我有一个 hdf5 文件，其中有一个 264x264x1024 表格，其中填充了 uint32 数字。我在理解如何从 java 内部获取 hdf5 文件的数据时遇到问题。我想将表中的数据写入数组。有简单的方法吗？

遗憾的是我正在使用的系统仍然是java6。

抱歉，如果问题不是很具体，如果您需要更多信息来帮助我，请询问。正如我所说，我对 hdf5 还不太了解。

谢谢

Answer 1

解决此问题的最简单方法之一是从 Java 中的 HDF5 文件的低级细节中抽象出来。你可以这样做通过使用 HDFql(分层数据格式查询语言 - http://www.hdfql.com)。

假设您的 HDF5 文件名为 my_file.h5 并且它存储名为 my_dataset 的数据集(uint32 的尺寸为 264x264x1024)，您可以使用 HDFql 将其读入 Java 数组，如下所示:

// import HDFql package (make sure it can be found by the Java compiler/JVM)
import as.hdfql.*;

public class Example
{
    public static void main(String args[])
    {
        int data[][][] = new int[264][264][1024];
        int x;
        int y;
        int z;

        // select (i.e. read) a dataset name "my_dataset" from HDF5 file "my_file.h5" and store it in variable "data"
        HDFql.execute("SELECT FROM my_file.h5 my_dataset INTO MEMORY " + HDFql.variableTransientRegister(data));

        // display content of variable "data"
        for(x = 0; x < 264; x++)
        {
            for(y = 0; y < 264; y++)
            {
                for(z = 0; z < 1024; z++)
                {
                    System.out.println(data[x][y][z]);
                }
            }
        }
    }
}

此示例已使用 Java 8 和 HDFql 版本 2.1.0 成功运行。此外，请记住:

1. Java 不支持无符号数据类型，例如 uint32(您必须自行进行转换)；

2. 如果 Java 没有足够的堆空间来存储具有这些维度的数组，您可能会遇到 OutOfMemoryError 异常(要解决这个问题，您必须在启动 Java 时使用参数 -Xmx)。