python - 如何使用RDKit计算SMILE结构列表的分子指纹和相似度？

Question

我正在使用 RDKit 根据两个具有 SMILE 结构的分子列表之间的 Tanimoto 系数计算分子相似性。现在我可以从两个单独的 csv 文件中提取 SMILE 结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块中，以及如何一一计算两个分子列表之间的相似度？

from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
ms = [Chem.MolFromSmiles('CCOC'), Chem.MolFromSmiles('CCO'), ... Chem.MolFromSmiles('COC')]
fps = [FingerprintMols.FingerprintMol(x) for x in ms]
DataStructs.FingerprintSimilarity(fps[0],fps[1])

我想将我拥有的所有 SMILE 结构(超过 10,000 个)放入“ms”列表中并获取它们的指纹。然后我将比较两个列表中每对分子之间的相似性，也许这里需要一个 for 循环？

提前致谢!

我使用 pandas dataframe 选择并打印出具有我的结构的列表，并将列表保存到 list_1 和 list_2 中。当运行到ms1行时，出现如下错误:

TypeError: No registered converter was able to produce a C++ rvalue of type std::__cxx11::basic_string<wchar_t, 
std::char_traits<wchar_t>, std::allocator<wchar_t> > from this Python object of type float

然后我检查了文件，微笑栏中只有微笑。但是当我手动将一些分子结构放入列表中进行测试时，仍然存在错误

fpArgs['minSize']. 

例如，钆二胺的 SMILES 为“O=C1[O-][Gd+3]234567[O]=C(C[N]2(CC[N]3(CC([O-]4) )=O)CC[N]5(CC(=[O]6)NC)CC(=O)[O-]7)C1)NC"，错误代码如下(运行fps线时) :

ArgumentError: Python argument types in
rdkit.Chem.rdmolops.RDKFingerprint(NoneType, int, int, int, int, int, float, int)
did not match C++ signature:
RDKFingerprint(RDKit::ROMol mol, unsigned int minPath=1, 
unsigned int maxPath=7, unsigned int fpSize=2048, unsigned int nBitsPerHash=2, 
bool useHs=True, double tgtDensity=0.0, unsigned int minSize=128, bool branchedPaths=True, 
bool useBondOrder=True, boost::python::api::object atomInvariants=0, boost::python::api::object fromAtoms=0, 
boost::python::api::object atomBits=None, boost::python::api::object bitInfo=None).

如果原始 csv 文件如下所示，如何在输出文件中包含分子名称以及相似度值:

姓名、微笑、值(value)、值(value)2

分子1,CCOCN(C)(C),0.25,A

分子2，CCO，1.12，B

分子3，COC，2.25，C

我添加了这些代码以在输出文件中包含分子名称，这些是有关名称的一些数组值错误(特别是 d2):

name_1 = df_1['id1']
name_2 = df_2['id2']
name_3 = pd.concat([name_1, name_2])
# create a list for the dataframe
d1, qu, d2, ta, sim = [], [], [], [], []
for n in range(len(fps)-1): 
    s = DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fps[n], fps[n+1:]) 
    #print(c_smiles[n], c_smiles[n+1:])
    for m in range(len(s)):
        qu.append(c_smiles[n])
        ta.append(c_smiles[n+1:][m])
        sim.append(s[m])
        d1.append(name_3[n])
        d2.append(name_3[n+1:][m])
    #print()
d = {'ID_1':d1, 'query':qu, 'ID_2':d2, 'target':ta, 'Similarity':sim}
df_final = pd.DataFrame(data=d)
df_final = df_final.sort_values('Similarity', ascending=False)
for index, row in df.iterrows():
    print (row["ID_1"], row["query"], row["ID_2"], row["target"], row["Similarity"])
print(df_final)
# save as csv
df_final.to_csv('RESULT_3.csv', index=False, sep=',')

Answer 1

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RDKit 具有批量相似性功能，因此您可以将一个指纹与一系列指纹进行比较。只需循环指纹列表即可。

如果 CSV 看起来像这样

第一个包含无效 SMILES 的 csv

smiles,value,value2
CCOCN(C)(C),0.25,A
CCO,1.12,B
COC,2.25,C

第二个带有正确 SMILES 的 csv

smiles,value,value2
CCOCC,0.55,D
CCCO,2.58,E
CCCCO,5.01,F

这是如何读出SMILES，删除无效的SMILES，进行不重复的指纹相似度并保存排序后的值。

from rdkit import Chem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
import pandas as pd

# read and Conconate the csv's
df_1 = pd.read_csv('first.csv')
df_2 = pd.read_csv('second.csv')
df_3 = pd.concat([df_1, df_2])

# proof and make a list of SMILES
df_smiles = df_3['smiles']
c_smiles = []
for ds in df_smiles:
    try:
        cs = Chem.CanonSmiles(ds)
        c_smiles.append(cs)
    except:
        print('Invalid SMILES:', ds)
print()

# make a list of mols
ms = [Chem.MolFromSmiles(x) for x in c_smiles]

# make a list of fingerprints (fp)
fps = [FingerprintMols.FingerprintMol(x) for x in ms]

# the list for the dataframe
qu, ta, sim = [], [], []

# compare all fp pairwise without duplicates
for n in range(len(fps)-1): # -1 so the last fp will not be used
    s = DataStructs.BulkTanimotoSimilarity(fps[n], fps[n+1:]) # +1 compare with the next to the last fp
    print(c_smiles[n], c_smiles[n+1:]) # witch mol is compared with what group
    # collect the SMILES and values
    for m in range(len(s)):
        qu.append(c_smiles[n])
        ta.append(c_smiles[n+1:][m])
        sim.append(s[m])
print()

# build the dataframe and sort it
d = {'query':qu, 'target':ta, 'Similarity':sim}
df_final = pd.DataFrame(data=d)
df_final = df_final.sort_values('Similarity', ascending=False)
print(df_final)

# save as csv
df_final.to_csv('third.csv', index=False, sep=',')

打印输出:

Invalid SMILES: CCOCN(C)(C)C

CCO ['COC', 'CCOCC', 'CCCO', 'CCCCO']
COC ['CCOCC', 'CCCO', 'CCCCO']
CCOCC ['CCCO', 'CCCCO']
CCCO ['CCCCO']

   query target  Similarity
9   CCCO  CCCCO    0.769231
2    CCO   CCCO    0.600000
1    CCO  CCOCC    0.500000
7  CCOCC   CCCO    0.466667
3    CCO  CCCCO    0.461538
8  CCOCC  CCCCO    0.388889
4    COC  CCOCC    0.333333
5    COC   CCCO    0.272727
0    CCO    COC    0.250000
6    COC  CCCCO    0.214286