python - 当 Entrez 增加 retmax 时回溯 KeyError

Question

我正在尝试使用 Biopython entrez 收集已发布文章的列表。我想从 medline 格式收集文章的某些部分。如果没有设置 retmax，我下面编写的代码将起作用。默认为 20 篇文章，但是，我想收集更多数量的文章。如果我将 retmax 设置为更高的数字，我会收到以下错误。

#!/usr/bin/env python
from Bio import Entrez, Medline

Entrez.email = "foobar@gmail.edu"    
handle = Entrez.esearch(db="pubmed",
                        term="stanford[Affiliation]", retmax=1000)
record = Entrez.read(handle)
pmid_list = record["IdList"]

more_data = Entrez.efetch(db="pubmed", id=",".join(pmid_list), rettype="medline", retmode="text")
all_records = Medline.parse(more_data)

record_list = []
for record in all_records:
    record_dict = {'ID': record['PMID'],
                    'Title': record['TI'],
                    'Publication Date': record['DP'],
                    'Author': record['AU'],
                    'Institute': record['AD']}
    record_list.append(record_dict)

然后我收到错误

Traceback (most recent call last):
  File "./pubmed_pull.py", line 42, in <module> 
    'Institute': record['AD']}
KeyError: 'AD'

我不确定为什么在增加文章数量时会出现错误。

Answer 1

不要使用 dict[key] 获取 key ，而是使用 dict.get(key)。如果 key 不存在，则执行此操作将返回 None。

for record in all_records:
    record_dict = {'ID': record.get('PMID'),
                    'Title': record.get('TI'),
                    'Publication Date': record.get('DP'),
                    'Author': record.get('AU'),
                    'Institute': record.get('AD')}

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