macos - 将 openmp (llvm) 与 sourceCpp 一起使用时找不到 math.h

Question

我尝试在我的 Rcpp 代码中使用 openmp，但遇到了一些问题 (Mac OS)。尝试了很多谷歌搜索但无法找到适合我的解决方案。如果您能提供一些想法，我们将不胜感激。

我的一些设置:1) 从自制软件安装 llvm2) ~/.R 中的 Makevars

CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang-cpp

CXXFLAGS =-I/usr/local/lib -I/usr/local/opt/llvm/include

LDFLAGS=“-L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib”

看起来 Makevars 中指定的 LDFLAGS 被忽略了。此外，当我使用 sourceCpp(temp.cpp) 时，出现此错误

usr/local/opt/llvm/bin/clang-cpp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include -I"/Users/myname/Library/R/3.2/library/Rcpp/include" -I"/Users/myname/Library/R/3.2/library/RcppArmadillo/include" -fopenmp -fPIC -I/usr/local/lib -I/usr/local/opt/llvm/include -c temp.cpp -o temp.o

In file included from temp.cpp:2: /usr/local/Cellar/llvm/4.0.0_1/bin/../include/c++/v1/math.h:301:15: fatal error: 'math.h' file not found

include_next

^~~~~~~~ 1 error generated. Error in sourceCpp(paste(path2, "temp.cpp", sep = ""), verbose = TRUE, :
Error 1 occurred building shared library. make: *** [temp.o] Error 1

在temp.cpp中，我放了

#include <math.h>
#include <RcppArmadillo.h>
#include <omp.h>

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

// [[Rcpp::plugins(openmp)]]



using namespace Rcpp;

Answer 1

您是否安装了 Xcode 命令行工具(或在升级操作系统后重新安装)？尝试运行:

xcode-select --install

这是我最近遇到的类似问题的解决方案。