r - 如何通过 shell 从父目录获取 R 文件？

Question

我可以从 IDE (Rstudio) 中获取 R 脚本，但不能从命令行调用中获取。有没有办法在不必提供完整路径的情况下做到这一点？

我要获取的文件位于父目录中。

这有效:

source('../myfile.R')  #in a call from Rstudio

但是，这不会:

>  Rscript filethatsources_myfile.R

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
  cannot open the connection
Calls: source -> file
In addition: Warning message:
In file(filename, "r", encoding = encoding) :
  cannot open file '../myfile.R': No such file or directory
Execution halted

这看起来应该很简单，但是......

编辑:我使用的是 GNU bash，版本 3.2.53(1)-release (x86_64-apple-darwin13)

Answer 1

在 R 中，相对文件位置总是相对于当前工作目录。您可以像这样显式设置您的工作目录:

setwd("~/some/location")

设置后，您可以获取相对于当前工作目录的源文件。

source("some_script.R")         # In this directory
source("../another_script.R")   # In the parent directory
source("folder/stuff.R")        # In a child directory

不确定您当前的工作目录是什么？您可以通过提交查看 getwd() .

例如，如果您的源文件在父目录中但引用了与其位置相关的文件，该怎么办？使用 chdir= source 中的选项:

source("../another_script.R", chdir = TRUE)

这会在源评估期间暂时将工作目录更改为包含源文件的目录。完成后，您的工作目录将设置回运行之前的目录 source .