python - 在 R 中使用 igraph 绘制图形 : edge length proportional to weight

Question

我需要为加权无向图绘制一个简单的图，其中唯一的边位于单个中心节点和其他一些节点(即星形网络拓扑)之间，所以我只需要我的节点等距分布(即围绕中心节点的每对连续节点之间的角度相同)。但是，我的边缘已加权，我希望边缘长度与权重值成比例。有什么方法可以在 R 或 Python 中实现这一点吗？我一直在研究 igraph 包，但似乎找不到合适的布局。这是我正在使用的示例数据框:

d = data.frame("n1"=c('A','A','A','A'), "n2"=c('B','C',' D','E'), "权重"=c(1,1.5,2,5))

感谢您的帮助!

Answer 1

我不相信有一个特定的布局可以做到这一点，但您可以通过创建一组布局坐标，然后根据您的权重缩放它们，以非常简单的方式实现此效果。

下面的 R 示例代码:

library(igraph)

# toy data
d = data.frame("n1"=c('A','A','A','A'), "n2"=c('B','C','D','E'), "weight"=c(1,1.5,2,5))

g <- graph_from_data_frame(d)

# we can create a layout object that is just coordinate positions
coords <- layout_(g, as_star())
coords
#>               [,1]          [,2]
#> [1,]  0.000000e+00  0.000000e+00
#> [2,]  1.000000e+00  0.000000e+00
#> [3,]  6.123234e-17  1.000000e+00
#> [4,] -1.000000e+00  1.224647e-16
#> [5,] -1.836970e-16 -1.000000e+00

# Knowing this is a star the N nodes should have N-1 edges. We can scale
# The N-1 positions by the weights
weight.scale <- c(1, d$weight)

coords2 <- weight.scale * coords
coords2
#>               [,1]          [,2]
#> [1,]  0.000000e+00  0.000000e+00
#> [2,]  1.000000e+00  0.000000e+00
#> [3,]  9.184851e-17  1.500000e+00
#> [4,] -2.000000e+00  2.449294e-16
#> [5,] -9.184851e-16 -5.000000e+00

# we can inspect
plot(g, layout = coords2)

^{由 reprex package 于 2019-02-07 创建(v0.2.1)}