grep - 为什么我的 grep 命令在某些行之间输出 "--"？

Question

我有一个像这里的测试文件一样的 fasta 文件:

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 1:N:0:GCCAAT
CCTAGCACCATGATTTAATGTTTCTTTTGTACGTTCTTTCTTTGGAAACTGCACTTGTTGCAACCTTGCAAGCCATATAAACACATTTCAGATATAAGGCT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:3:1106:16404:19663 2:N:0:GCCAAT
AAAACATAAATTTGAGCTTGACAAAAATTAAAAATGAGCCCAGCCTTATATCTGAAATGTGTTTATATGGCTTGCAAGGTTGCAACAAGTGCAGTTTCCAA
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 1:N:0:GCCAAT
ATATTTGAATTATCAGAAATAAACACAAAGAAAACCTAGAACAGATAATTTCTTCCACATTATTGATCAGATACAGATTTCAAGGGTACCGTTGTGAATTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 1:N:0:GCCAAT
CTTACTTTGCCTCTCTCAGCCAATGTCTCCTGAGTCTAATTTTTTGGAGGCTAAGCTATGAGCTAATGATGGGTTCCATTTGGGGCCAATGCTTCAGCCTG
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

当我输入一个简单的 grep 命令时:

grep -B1 "CTT" test.fasta

我得到一个非常奇怪的输出，其中“--”有时被放置在 grep 命中上方的换行符上，如下所示:

>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1304:10466:100132 2:N:0:GCCAAT
AAACGATTGATAGATCTATTTGCATTATAAAAACATTAAAAAAACAAAATACTGATTAAATGTCGTCTTTCTATTCCACAATTTTATAGATCTCACTGTAT
--
>HWI-D00196:168:C66U5ANXX:4:1307:12056:64030 2:N:0:GCCAAT
CTATTAGTTCTTATCTTTGCCTGCAAATATAAGACTAGCGCTTGAGTAGCTGACAGAGACAAAGTAAGCTGGAGTGTTTATCACCTGGTCACTCCAATTGT

我不明白为什么有些 fasta 条目有这个而其他条目没有。当我删除 -B1 时，我没有遇到这个问题。我可以使用 grep -v "--" 从我的文件中删除这些行声明，但我真的很想了解这里发生了什么。

Answer 1

您正在使用 -B1 要求一行前导上下文选项。这意味着 grep 将同时显示匹配的行和它之前的行。每场比赛将被 -- 分隔在一行上，如下所示:

$ man grep | grep -B1 context
     -A num, --after-context=num
             Print num lines of trailing context after each match.  See also
--
     -B num, --before-context=num
             Print num lines of leading context before each match.  See also
--
     -C[num, --context=num]
             Print num lines of leading and trailing context surrounding each
--
     --context[=num]
             Print num lines of leading and trailing context.  The default is

你没有看到的原因 --在每个匹配之间是上下文仅显示在连续匹配序列之上。所以看下面的例子:

seq 13 | grep -B1 1
1
--
9
10
11
12
13

seq 命令生成 1 到 13 之间的所有数字。只有第一行和从 10 开始的行包含 1，因此您可以在其自己的组中看到 1，然后 -- ，然后是一行上下文，然后是一组连续匹配的行。