python - 如何从包含单行所有关系的csv文件中获取关系数据？

Question

我想在networkx中为植物建立关系图。在我的 csv 文件中，这些植物的所有数据都包含在每个植物的单行中。例如:植物编号、植物名称、伴生植物、拮抗植物。现在我想要 networkx 图，其中植物名称位于中间，并与所有伴生植物有关系(每个伴生植物是节点，主植物与所有这些伴生植物都有边缘)。

对于苹果来说，数据是这样的:

1,apple,"pearl,strawberry,onion,potato","rose,cabbage,dill"

我知道如何制作图表本身，因为我研究了不同的旧 csv 文件，其中植物和每个同伴都在自己的行上，如下所示:

apple,pearl
apple,strawberry
apple,onion
apple,potato

我想知道如何从这个新的 csv 中读取和获取边缘，该 csv 中的所有同伴都在单行上，并以逗号分隔。有什么建议吗？

Answer 1

您不应按照另一个问题中的建议将 CSV 行按 ',' 分割。 CSV 中的变量包含 ','，因此您将得到不正确的结果。只需使用pandas.read_csv():

df = pd.read_csv('WAKA.csv', header=None)


    0   1       2                               3
0   1   apple   pearl,strawberry,onion,potato   rose,cabbage,dill
1   2   apple1  pearl,strawberry,onion,potato   rose,cabbage,dill

然后迭代行，获取第 1 列，按 ',' 拆分第 2 列中的字符串，并将其添加到您的 networkx 图表中:

for l in df.iterrows():   # Iterate through dataframe rows
    G.add_edges_from(     # Add edges to graph
        (l[1][1], fruit)  # It is the edge: element from column 1 and splitted fruit
        for fruit in l[1][2].strip('"').split(',')  # Crop '"' and split by ','
    )

然后画它:

nx.draw(
    G,
    node_size=3500,
    font_size=40,
    labels={n: n for n in G.nodes}
)