python - 在 macOS 上安装 rpy2——R_HOME 变量的问题

Question

我想在我的 python 代码中导入库，这样我就可以使用 Python 连接我的 Rcode。我已经使用 pip pip rpy2 install 安装了 rpy2 但是，我在 python 中收到错误“ValueError: r_home is None. Try python -m rpy2.situation” session 。

系统:

MacOS:Mojave 10.14.5

Python:3.7.4(使用 eclipse 和 pydev 构建脚本)

R:3.5.3

我在终端 export R_HOME=$(R RHOME) 中运行此代码来设置我的 R_HOME 变量。然后检查我运行了python -m ryp2.situation来检查我的输出并查看 R_HOME 变量是否已正确添加。

Python version:3.7.4 (default, Jul 9 2019, 18:13:23) [Clang 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)] Looking for R's HOME:

Environment variable R_HOME: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Calling `R RHOME`: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
InstallPath in the registry: *** Only available on Windows *** R version:
In the PATH: R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Loading R library from rpy2: OK Additional directories to load R packages from: None

所以现在看起来我有 R_HOME 作为变量，但在执行 python 代码时仍然遇到相同的错误。我尝试在终端中卸载 rpy2 并按照 this post 中的一些逻辑使用终端重新安装。 。我陷入困境，不确定下一步应该尝试什么，所以感谢您的帮助。

这是我想要运行的Python代码:

import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.vectors import StrVector

    
packageNames = ('pdftools', 'dplyr', 'stringi', 'knitr', 'markdown', 'rmarkdown')
utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
    
packnames_to_install = [x for x in packageNames if not rpackages.isinstalled(x)]
    
if len(packnames_to_install) > 0:
    utils.install_packages(StrVector(packnames_to_install))

Answer 1

试试这个:

pip uninstall rpy2
pip list --outdated
pip install --upgrade wheel
pip install --upgrade setuptools
pip install rpy2