python - 激活snakemake中现有的conda环境

Question

如何让snakemake激活我的环境列表中已存在的conda环境？

我知道您可以将 --use-conda 与 .yaml 环境文件一起使用，但这似乎会生成一个新环境，当环境已经存在时，这很烦人存在。任何对此的帮助将不胜感激。

我尝试过使用:

conda:
    path/to/some/yamlFile

但它只是返回环境中包的命令未找到错误

Answer 1

有可能。这本质上是一个环境配置问题。您需要在 Snakemake 规则中调用 bash 并在那里加载 conda-init 的 bash 配置文件。下面的例子适用于我:

rule test_conda:
    shell:
        """
        bash -c '
            . $HOME/.bashrc # if not loaded automatically
            conda activate base
            conda deactivate'
        """

此外，在这种情况下根本不需要--use-conda。