python-3.x - Biopython 记录基因两侧的额外 2 个核苷酸，用于 +2,-2 阅读框

Question

我正在寻找伏击终止密码子。我已经得到了我的代码，可以从 embl 中提取我需要的序列。文件。但是，我对如何添加两个上游和两个下游核苷酸感到有些困惑，所以我最终得到了 -2、-1、0、1、2 个阅读框。

for rec in SeqIO.parse("CP002701.embl", "embl"):
    if rec.features:
        for feature in rec.features:
            if feature.type == "CDS":
                print(feature.location)
                print(feature.qualifiers["protein_id"])
                print(feature.location.extract(rec).seq)      

是我想更改但不确定如何更改的部分 .location为了选择我感兴趣的额外 4 个碱基。

Answer 1

@user7550844 (OP) 于 2017 年 2 月 12 日 15:46 写道:

经过 mofoniusrex on reddit 的帮助这是一个有效的解决方案:

for rec in SeqIO.parse("CP002701.embl", "embl"):
if rec.features:
    for feature in rec.features:
        if feature.type == "CDS":
            pad=2
            newloc = SeqFeature.FeatureLocation( feature.location.start - pad,feature.location.end + pad)
            newfeature=SeqFeature.SeqFeature(location=newloc,
                 type=feature.type,
                 strand=feature.strand,
                 ref=feature.ref,
                 ref_db=feature.ref_db)
            newfeature.qualifiers = feature.qualifiers
            print(newfeature.qualifiers)
            print(newfeature.location)
            print(newfeature.location.extract(rec).seq)