shell - 在蛇形规则中使用 pyenv

Question

我在一个漫长而复杂的管道中使用snakemake，它涉及一些外部编写的python2脚本。当我尝试使用 pyenv 指定 python2 时，pyenv shell命令失败，而 pyenv global和 pyenv local没有效果。我有两个问题。

为什么是shell命令缺席？是不是因为snakemake 运行的是非登录非交互式shell？

是否可以使用pyenv在snakemake规则中切换到python2？

这是一个示例 Snakefile。

rule aaa:
   output:
      "aaa.txt"
   shell:
      """
      pyenv versions
      python --version
      echo "global"
      pyenv global 2.7.12
      python --version
      echo "local"
      pyenv local 2.7.12
      python --version
      echo "shell"
      pyenv shell 2.7.12
      python --version
      echo "pa-pa, zlyj svite" > aaa.txt
      """

这会产生以下输出。

...
rule aaa:
    output: aaa.txt
    jobid: 0

  system
  2.7.12
  3.5.2
* 3.6.1 (set by PYENV_VERSION environment variable)
Python 3.6.1
global
Python 3.6.1
local
Python 3.6.1
shell
pyenv: no such command `shell'
Error in job aaa while creating output file aaa.txt.
...

Answer 1

如果其他人需要此功能，我有部分答案。据我所知，当snakemake产生一个shell来运行命令时，shell不会读取$HOME/.bashrc , $HOME/.bash_profile , 或 $HOME/.profile .我通过向其中一个文件添加环境变量然后尝试在 Snakefile 中读取其值来测试它。使用现有的 shell (即没有设置该变量的 shell )。但是，生成的 shell 继承了当前 shell 的环境。这相当于添加 $PYENV_ROOT/bin给您的 $PATH没有运行 pyenv init .结果，pyenv命令可供 shell 查找，但它不能完全运行。

所以，使用 pyenv在 Snakefile 中，你只需要添加 eval "$(pyenv init -)"在您要使用它的每个规则的开头。例如，以下 Snakefile 按预期工作。

rule aaa:
   output:
      "aaa.txt"
   shell:
      """
      eval "$(pyenv init -)"
      pyenv versions
      python --version
      echo "shell"
      pyenv shell 2.7.12
      python --version
      echo "pa-pa, zlyj svite" > aaa.txt
      """

产生以下输出

...
  system
  2.7.12
  3.5.2
* 3.6.1 (set by PYENV_VERSION environment variable)
Python 3.6.1
shell
Python 2.7.12
...

我仍然不明白为什么没有读取 rc 和配置文件。