snakemake - 如何根据可用内核数设置线程？

Question

我有一个在具有不同 CPU 数量的不同机器上运行的工作流，我希望能够设置一个使用“除 N 之外的所有”内核的规则。 IE。我希望能够做到:
threads: lambda cores: max(2, cores-4)
但是我在我的规则中找不到任何访问内核的方法(即在命令行上传递给 -j/--cores 或由 -j/--cores 推断的值)。有没有办法做到以上几点？

Answer 1

如 @bli 在评论中说，这应该有效:

from multiprocessing import cpu_count

rule test:
    output:
        example.txt
    threads: 
        lambda cores: max(2, cpu_count() - 4)
    shell:
        cmd -{threads}