python - 如何使用 pycogent 在 python 2.7 中创建祖先序列？

Question

我正在开发一个生物信息学项目，并尝试在 python 2.7 中运行一个名为 pycogent 的模块。我的目标是从由对齐的 16s Fastq 序列组成的文件创建祖先序列。

我的python代码如下:

from cogent import LoadSeqs
aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta')
lf.setAlignment(aln)
lf.optimise(show_progress=False, local=True)
ancestors = lf.likelyAncestralSeqs()
print ancestors

但是，我收到以下错误消息。

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/paulfryling/Desktop/Mypythonproj/pycogentancestor", line 1, in <module>
    from cogent import LoadSeqs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/cogent/__init__.py", line 5, in <module>
    import numpy
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
    import multiarray
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so, 2): no suitable image found.  Did find:
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so: no matching architecture in universal wrapper
>>> 

任何帮助或指导将不胜感激。

最诚挚的问候，

保罗

Answer 1

您遇到的问题是您没有 PyCogent 的某些依赖项，而且它有相当多的依赖项，但如果您有以下三个依赖项，您将能够使用几乎所有内容。

您需要做的第一件事是安装 Python**，因为您使用的是 Mac OS X，请选择您正在使用的当前操作系统版本:

• 32-bit version for: Panther (10.3), Tiger (10.4), Leopard (10.5) orSnow Leopard (10.6) .
• 64-bit version for: Snow Leopard (10.6),Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8) .

接下来您需要的是 NumPy，您可以从此处类似地下载它:

• Panther (10.3) or Tiger (10.4) .
• Leopard (10.5) .
• Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8) .

接下来您需要安装 Matplotlib:

• Panther (10.3), Tiger (10.5) or Leopard (10.5) .
• Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8) .

一旦你拥有了所有这些，你将需要安装 PyCogent 库，这样做:

1. 下载并解压缩此 file进入您的计算机。

2. 从终端转到下载该文件的文件夹，然后在 PyCogent 文件夹中运行以下命令:

<小时/>

python setup.py build
sudo python setup.py install

这应该就是全部了。

如果需要，您可以安装 optional installs .

** 虽然您的计算机中可能安装了一个 Python，但最好确保您拥有 Python.org 上的 Python，因为它也与 PyCogent 的另一个依赖项 Matplotlib 兼容。