r - 基于最大距离从距离矩阵中提取

Question

我有一对分离株之间遗传距离的距离矩阵，例如:

structure(c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0), .Dim = c(3L, 
3L), .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C")))

我制作了大约 5000 个隔离的巨大热图，但是通过读取标签来提取有趣的区域太大了，所以我想过滤我的距离矩阵以获得例如。距离 < 0.5 的所有分离株对。

我的输出可能如下所示:

B    C    0.3

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

像这样的东西？

m <- structure(
  c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0),
  .Dim = c(3L,
           3L),
  .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C"))
)
# we convert matrix m to long format
m2 <-
  matrix(m, dimnames = list(t(outer(
    colnames(m), rownames(m), FUN = paste
  )), NULL))
# and finally we subset it
(vec <- m2[m2[, 1] < 0.5,])
#> A A A C B B B C C A C B C C 
#> 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.3 0.0